经营权转让的土地上建造的农房确权问题，需根据土地性质、转让协议内容及现行法律法规综合判断，具体分以下情况处理：

1. 土地性质为集体建设用地（如宅基地）

• 确权核心：农房所有权与宅基地使用权需同步确权，但受让方需符合宅基地分配资格（如本集体经济组织成员）。
• 关键点：
  • 若转让协议经村委会书面同意并备案，且受让方符合资格，可依法办理宅基地使用权及房屋所有权变更登记；
  • 若受让方非本集体成员，或转让未履行法定程序（如未公示、未报批），协议可能被认定无效，房屋确权需通过协商、诉讼解决权属争议。
• 法律依据：《土地管理法》第62条（宅基地分配条件）、《民法典》第363条（宅基地使用权流转限制）。

2. 土地性质为农用地（如耕地、林地）

• 确权核心：农房建设需符合“农地转用”审批程序，否则可能被认定为违法建筑，无法确权。
• 关键点：
  • 若建设前已依法办理农用地转用审批手续（如转为乡村建设用地），且转让协议合法，可按集体建设用地房屋确权；
  • 若未办理审批手续，房屋可能面临拆除风险，确权需先补办用地手续或接受行政处罚后，再申请确权。
• 法律依据：《土地管理法》第44条（农用地转用审批）、第77条（违法占地处罚）。

3. 土地性质为国有农用地（如国有农场土地）

• 确权核心：需区分土地使用权类型（如出让、划拨）及转让协议效力。
• 关键点：
  • 若土地使用权为出让取得，且转让协议符合国有资产交易程序（如评估、公开交易），可依法办理房屋所有权登记；
  • 若土地为划拨取得，转让需经主管部门批准并补缴出让金，否则房屋可能无法确权。
• 法律依据：《城市房地产管理法》第40条（划拨土地转让条件）、《民法典》第353条（建设用地使用权流转）。

4. 转让协议效力争议

• 确权核心：协议效力直接影响房屋权属，需通过司法程序确认。
• 关键点：
  • 若协议因违反法律强制性规定（如擅自改变土地用途）被认定无效，房屋可能返还出让方或按过错分担损失；
  • 若协议部分有效（如土地经营权转让有效，但房屋建设约定无效），需结合实际履行情况确权。
• 法律依据：《民法典》第153条（无效民事法律行为）、第157条（民事法律行为无效后果）。

操作建议

1. 核查土地权属证明：确认土地性质、用途及权属人（如集体土地所有权证、国有土地使用证）；
2. 审查转让协议：重点检查协议是否经法定程序（如公示、审批）、是否明确房屋权属归属；
3. 咨询自然资源部门：了解当地农房确权政策（如是否允许非集体成员确权、违法建筑处理方式）；
4. 通过法律途径解决争议：若权属存在争议，可向法院提起确权之诉或申请行政复议。

提示：农房确权涉及土地管理、城乡规划、合同效力等多重法律关系，建议结合具体案情准备土地权属文件、转让协议、建设审批手续等材料，进一步向我咨询细节。