针对您提出的“有使用权转让合同的农房可以确权吗”这一问题，以下是我的详细解答：
一、核心结论
农房使用权转让后能否确权，关键在于转让行为的合法性、权属的清晰度以及是否符合相关政策和法律规定。只有满足这些条件，受让方才能依法申请确权。
二、转让行为的合法性分析
合法转让的前提：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关政策，农房（通常与宅基地相关）的转让必须依法进行，确保权属清晰、无争议。
- 宅基地的转让通常需在同一集体经济组织成员之间进行，且转让方需满足一定条件，如拥有两处以上的农村住房（含宅基地），受让方需符合宅基地使用权分配条件。
合同与审批手续：
- 转让双方需签订合法有效的书面合同，明确双方的权利和义务。
- 转让合同需按照当地规定办理相关的备案、审批手续，如宅基地使用权变更登记等。
三、权属清晰度的重要性
权属清晰是确权的基础：
- 在转让过程中，必须确保农房的权属清晰、无争议。如果存在权属纠纷或争议，将无法进行确权登记。
- 受让方在受让前应对农房的权属情况进行充分调查，包括查阅相关权属证明、咨询当地村委会或相关部门等。
违法违规转让的后果：
- 如果农房的转让存在违法、违规的情况，如未经批准擅自转让、转让过程中存在欺诈等行为，那么这种转让是无效的。
- 在这种情况下，受让方无法申请进行农房确权，因为其并不具备合法的农房权属。
四、具体建议
了解法律法规和政策：
- 在受让农房前，充分了解相关法律法规和政策规定，确保转让行为的合法性。
调查权属情况：
- 对农房的权属情况进行充分调查，包括查阅权属证明、咨询当地村委会或相关部门等，确保权属清晰、无争议。
签订合法合同并办理手续：
- 与转让方签订合法有效的书面合同，并按照规定办理相关的备案、审批手续。
咨询专业律师或相关部门：
- 如遇到任何问题或纠纷，及时咨询专业律师或相关部门以寻求帮助和解决方案。
五、案例参考
- 假设村民C将一处农房转让给同一集体经济组织成员村民D，双方签订了合法有效的转让合同，并按照规定办理了宅基地使用权变更登记等审批手续。在这种情况下，村民D可以依法申请进行农房确权登记，获得该农房的合法权属。
综上所述，有使用权转让合同的农房能否确权取决于转让行为的合法性、权属的清晰度以及是否符合相关政策和法律规定。为了确保自己的合法权益得到保障，建议您在受让农房前充分了解相关法律法规和政策规定，对农房的权属情况进行充分调查，并确保转让行为的合法性和权属的清晰度。