工程挂靠协议争议通常属于建设工程施工合同纠纷案由，但具体还需根据争议焦点和实际情况来判断。以下是对这一问题的详细分析：
一、工程挂靠协议的法律性质
工程挂靠协议本质上是一种违法行为，它违反了《建筑法》等相关法律法规的规定。在这种协议中，实际施工人（通常不具备建筑施工资质）与被挂靠单位（拥有相关资质）签订协议，以被挂靠单位的名义承接工程。这种行为扰乱了建筑市场秩序，因此，挂靠协议自始无效，不受法律保护。
二、争议案由的确定
建设工程施工合同纠纷：
- 当工程挂靠协议争议主要围绕合同的履行、工程质量、工程价款支付等方面展开时，该争议通常会被归类为建设工程施工合同纠纷。
- 在这类纠纷中，法院会审查合同的签订、履行情况，以及双方当事人的权利义务关系，从而作出公正的判决。
其他相关纠纷：
- 如果争议焦点并非直接围绕建设工程施工合同本身，而是涉及挂靠协议的合法性、效力认定、责任划分等问题，那么该争议可能还会与其他法律案由产生关联，如“确认合同无效纠纷”、“侵权责任纠纷”等。
- 但在大多数情况下，工程挂靠协议争议的核心仍然是建设工程施工合同的履行问题，因此更倾向于归类为建设工程施工合同纠纷。
三、法律后果与责任承担
实际施工人责任：
- 作为工程的直接实施者，实际施工人应对工程的质量、进度及施工过程中产生的债务承担主要责任。
- 如果因管理不善导致工程出现问题或拖欠款项，实际施工人应返还被挂靠单位垫付的费用，并承担相应的赔偿责任。
被挂靠单位责任：
- 被挂靠单位明知实际施工人无资质仍提供资质支持，也存在过错，应承担相应的责任。
- 法院会综合考虑双方的过错程度，酌定责任比例。一般情况下，实际施工人承担较大责任，但被挂靠单位也因其过错需承担一定比例的责任。
四、建议与启示
严格遵守建筑法规：
- 各方应严格遵守建筑法规，不得参与或允许挂靠行为，以避免合同无效及更严重的法律后果。
明确合同权利义务：
- 在签订合同时，应明确双方的权利义务和责任划分，确保合同的合法性和有效性。对于挂靠等违法条款，应坚决避免。
风险防范与应对：
- 提前识别并防范可能的风险点，如工程质量问题、费用支付争议等，制定应对措施和策略。
提升资质与能力：
- 实际施工人应通过合法途径提升自身资质，具备相应的施工能力和条件后再参与工程建设。
总结来说，工程挂靠协议争议通常属于建设工程施工合同纠纷案由，但具体还需根据争议焦点和实际情况来判断。在处理这类纠纷时，法院会综合考虑合同的签订、履行情况以及双方当事人的权利义务关系。因此，建议各方在签订合同时严格遵守法律法规，明确合同权利义务，以防范潜在的法律风险。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。