客运经营中没收非法所得的法律依据主要来源于《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规。以下是对这一问题的详细分析：
《中华人民共和国道路运输条例》的明确规定：
- 根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条，对于未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上地方人民政府交通运输主管部门责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，并处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。这一条款直接规定了对于非法客运经营行为的处罚措施，包括没收非法所得。
其他相关法律法规的补充：
- 除了《中华人民共和国道路运输条例》外，还有其他一些与道路运输相关的法律法规，如《中华人民共和国行政处罚法》等，也可能对非法客运经营行为的处罚提供法律依据。这些法律法规可能从更广泛的角度对行政处罚的原则、程序等进行了规定，为没收非法所得等处罚措施的实施提供了法律支撑。
没收非法所得的法律意义：
- 没收非法所得是行政处罚的一种重要形式，其目的在于剥夺违法行为人因违法行为所获得的利益，从而遏制违法行为的发生。在客运经营领域，非法所得往往来源于未经许可擅自从事客运活动所收取的运费等费用。通过没收这些非法所得，可以有效地打击非法客运经营行为，维护道路运输市场的秩序和公平竞争。
在实际操作中，如果交通运输主管部门发现有人未经许可擅自从事客运经营活动，并获取了非法所得，那么该部门将有权依据相关法律法规的规定，对违法行为人进行处罚，包括没收其非法所得。同时，违法行为人还可能面临罚款等其他处罚措施。
建议：对于客运经营者来说，务必遵守相关法律法规的规定，取得合法的经营许可后再从事客运经营活动。否则，一旦被发现非法经营，将面临严厉的处罚措施，包括没收非法所得和罚款等。如果您在客运经营过程中遇到任何法律问题或疑问，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和帮助。