结论：国有土地征拆过程中街道综合执法部门上门查违法建筑，不一定属于实体违法，需结合具体情况判断。以下从多个角度进行分析：
1. 执法主体合法性角度
- 合法情形：若街道综合执法部门依据《中华人民共和国行政处罚法》及地方性法规（如《XX市城市管理综合执法条例》），被明确授权对辖区内违法建筑进行查处，且执法人员出示了合法执法证件，则其执法行为具有合法性，不属于实体违法。
- 违法情形：若街道综合执法部门未获得明确授权，或超出授权范围（如仅被授权查处市容环境类违法，却查处规划类违法建筑），则可能构成主体违法，属于实体违法的一种。
2. 执法程序合法性角度
- 合法程序：根据《中华人民共和国行政强制法》及《中华人民共和国城乡规划法》，查处违法建筑需遵循法定程序，包括立案、调查取证、告知权利、听取陈述申辩、作出处罚决定、送达等。若街道综合执法部门完整履行了上述程序，则程序合法，不构成实体违法。
- 违法程序：若街道综合执法部门未履行法定程序（如未调查取证直接拆除、未告知权利等），则可能构成程序违法。虽然程序违法不直接等同于实体违法，但若程序违法导致实体认定错误（如误拆合法建筑），则可能间接引发实体违法问题。
3. 实体认定合法性角度
- 合法认定：若街道综合执法部门依据《中华人民共和国城乡规划法》等法律法规，对建筑是否属于违法建筑进行了准确认定（如未取得建设工程规划许可证或未按许可证建设），则实体认定合法，不构成实体违法。
- 违法认定：若街道综合执法部门对建筑的性质认定错误（如将合法建筑误认为违法建筑），或未依据法定标准进行认定（如仅凭主观判断），则可能构成实体违法。
4. 特殊情形：征拆过程中的执法行为
- 合法情形：在国有土地征拆过程中，若街道综合执法部门依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》及地方性法规，对征拆范围内的违法建筑进行查处，且查处行为与征拆程序衔接合法（如先查处违法建筑再启动征拆），则其执法行为具有合法性。
- 违法情形：若街道综合执法部门在征拆过程中滥用职权（如以查处违法建筑为名逼迫被征收人签订补偿协议），或未依法履行查处职责（如对明显违法建筑视而不见），则可能构成实体违法或滥用职权。
法律建议
- 核实执法依据：若您认为街道综合执法部门的执法行为可能违法，可要求其出示执法依据（如授权文件、处罚决定书等），并核实其是否合法。
- 申请行政复议或诉讼：若您认为执法行为侵犯了您的合法权益，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销违法行政行为或确认其违法。
- 咨询专业律师：征拆案件涉及法律关系复杂，建议您在处理过程中咨询专业律师，以便更好地维护自身权益。
总结：国有土地征拆过程中街道综合执法部门上门查违法建筑是否属于实体违法，需结合执法主体、程序、实体认定及征拆背景等多方面因素综合判断。若您对此有疑问或需要进一步帮助，可直接向我咨询。