结论：承包合同程序合法但价格部分无效时，合同的整体效力需分情况讨论，可能部分有效或整体无效，具体取决于价格条款无效对合同目的实现的影响程度。以下从不同角度详细分析：

一、合同部分无效的法律依据

根据《中华人民共和国民法典》第一百五十六条：“民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效，但是其他部分无效导致整个民事法律行为无意义的除外。”
在建设工程合同中，若价格条款因违反法律强制性规定（如低于成本价、未通过招投标程序确定价格等）被认定无效，但合同其他条款（如工程范围、质量标准、工期等）仍合法且可独立履行，则合同其他部分继续有效，仅价格条款需按法定标准调整（如参照市场价或定额计价）。

二、价格条款无效对合同效力的影响

1. 价格条款可分割时：
   若价格条款与合同其他条款无必然关联（如合同明确约定“价格条款独立，其他条款不受影响”），且价格无效不影响工程实际履行（如双方可协商重新定价或按法定标准结算），则合同其他部分仍有效。
   示例：合同约定工程总价100万元，但因未通过招投标程序被认定价格无效，但双方同意按政府指导价重新结算，此时合同其他条款（如工期、质量）仍有效。

2. 价格条款不可分割时：
   若价格条款是合同核心条款，且其无效导致合同目的无法实现（如价格过低导致承包人无法盈利而拒绝施工），则整个合同可能被认定无效。
   示例：合同约定“固定总价50万元”，但实际成本需80万元，承包人因亏损拒绝施工，发包人无法实现“按约定价格完成工程”的目的，此时合同可能整体无效。

三、实务中的判断标准

法院或仲裁机构在判断合同效力时，会综合以下因素：

1. 价格条款无效的原因：是因违反法律强制性规定（如低于成本价），还是因显失公平（如一方利用优势地位迫使对方接受不合理价格）；
   
2. 合同其他条款的独立性：价格条款是否与工程范围、质量、工期等条款紧密关联；
   
3. 合同目的的实现可能性：价格无效是否导致合同无法履行或履行无意义。

四、法律建议

1. 对发包人：

   • 签订合同时确保价格条款合法（如通过招投标程序确定价格）；
     
   • 若价格条款可能无效，应在合同中明确“价格条款无效时，双方按法定标准重新协商或结算”，以降低合同整体无效的风险。

2. 对承包人：

   • 签订合同前核查价格是否低于成本价或违反政府指导价；
     
   • 若价格条款无效，及时与发包人协商调整价格，避免因拒绝施工被认定违约。

3. 争议解决：
   若双方对合同效力有争议，可收集证据（如合同文本、招投标文件、成本核算资料等）向法院或仲裁机构申请确认效力，并主张按有效部分履行或赔偿损失。

总结：承包合同程序合法但价格部分无效时，合同效力需结合价格条款的重要性、合同其他条款的独立性及合同目的实现可能性综合判断。建议双方在签订合同时明确价格条款的合法性，并在争议发生时及时咨询专业律师，通过法律途径维护权益。