结论：土地使用权与在建工程原则上不能同时抵押给两个不同的主体，但存在特殊情况或后续操作使得两者抵押权分属不同主体时，需依据具体法律规定和操作程序来处理。

分析说明：

1. 抵押权的统一性原则：

   • 在一般情况下，土地使用权与其上的在建工程是紧密相连的，它们共同构成了房地产项目的基础。因此，从法律和实践的角度来看，土地使用权和在建工程通常被视为一个整体进行抵押，以确保抵押权的完整性和有效性。如果试图将土地使用权和在建工程分别抵押给两个不同的主体，可能会引发法律上的冲突和纠纷，因为这可能破坏了抵押权的统一性原则。

2. 特殊情况下的处理：

   • 尽管存在上述原则，但在某些特殊情况下，如土地使用权和在建工程已经分别进行了权属登记，且法律允许或未明确禁止分别抵押时，理论上可能存在将两者抵押给不同主体的可能性。然而，这种情况极为罕见，且需要满足严格的法律条件和程序要求。
   • 另外，如果最初是将土地使用权和在建工程作为一个整体抵押给了一个主体，但在后续过程中，由于某种原因（如债务重组、资产分割等），需要将两者分别转让或抵押给不同的主体，这时需要依据相关法律规定和合同约定，通过合法的程序进行变更或解除原抵押，并重新设立新的抵押权。

3. 法律后果与风险：

   • 如果未经合法程序擅自将土地使用权和在建工程分别抵押给两个不同的主体，可能会引发法律纠纷和诉讼。这不仅会损害抵押权人的利益，还可能对债务人的信用记录和声誉造成负面影响。
   • 此外，即使在某些特殊情况下成功实现了分别抵押，也需要密切关注后续的法律风险和合规问题。例如，需要确保新的抵押权设立符合相关法律规定和程序要求，避免出现无效抵押或优先权冲突等问题。

行动建议：

• 谨慎操作：在考虑将土地使用权和在建工程分别抵押给不同主体时，务必谨慎行事，并咨询专业律师的意见。
• 遵守法律程序：如果确实需要分别抵押，应确保遵循相关法律规定和程序要求，包括但不限于权属登记、抵押合同签订、抵押权设立等。
• 关注后续风险：在分别抵押后，应密切关注后续的法律风险和合规问题，及时采取措施应对可能出现的纠纷和诉讼。

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