结论：法院判决房产归属权后，把窗户拆除是否违法，需根据具体情况判断，一般而言，若拆除行为未侵犯他人合法权益或违反相关法律规定，则不违法；反之，则可能违法。以下从不同角度进行分析：

一、房产归属权与物权保护

1. 房产归属权确定：法院判决房产归属权后，该房产的物权即归属于判决确定的权利人。权利人依法享有对该房产的占有、使用、收益和处分的权利。

2. 物权保护原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物权受到法律保护，任何组织或者个人不得侵犯。因此，房产权利人在行使物权时，应遵守法律法规，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。

二、拆除窗户行为的合法性分析

1. 权利人自行拆除：若房产权利人出于自身需要，决定拆除房产内的窗户，且该行为未违反相关法律法规（如建筑安全规范、城市规划等），也未侵犯他人合法权益（如相邻权、共有权等），则该行为一般被认为是合法的。

2. 非权利人拆除或权利人违法拆除：

   • 非权利人拆除：若非房产权利人未经允许擅自拆除窗户，则可能构成对房产权利人物权的侵犯，权利人有权要求停止侵害、恢复原状或赔偿损失。
   • 权利人违法拆除：若房产权利人在拆除窗户时违反了相关法律法规或侵犯了他人合法权益，如未取得必要的建筑许可、影响了相邻建筑的安全或通风采光等，则该行为可能被视为违法。此时，权利人可能面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。

三、特殊情况下的法律考量

1. 共有房产：若房产为共有财产，拆除窗户等重大改动需经全体共有人同意。未经同意擅自拆除的，可能构成对其他共有人权益的侵犯。

2. 历史建筑或保护建筑：若房产属于历史建筑或受保护建筑，拆除窗户等改动可能需经过相关部门的批准。未经批准擅自拆除的，可能违反相关法律法规，面临更严重的法律责任。

四、建议与风险提示

1. 了解法律法规：在拆除窗户前，建议先了解相关法律法规和建筑安全规范，确保拆除行为合法合规。

2. 尊重他人权益：在行使物权时，应尊重他人的合法权益，避免因拆除行为引发纠纷或法律责任。

3. 咨询专业人士：若对拆除行为的合法性存在疑问或不确定如何操作，建议咨询专业律师或相关机构以获取专业意见。

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