农村自建房双方协议书内容没有加写到合同里面，该部分内容是否具有法律效益，需分情况讨论：

1. 若未写入合同的内容是双方已实际履行且无争议的部分

   • 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为的有效要件包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定及公序良俗。若双方已就未写入合同的内容达成一致，并实际履行，且该履行行为不违反上述法律规定，那么该部分内容可视为双方之间的有效约定。
   • 法律建议：在此情况下，尽管该部分内容未写入合同，但双方仍应继续履行各自的义务。若一方违反约定，另一方有权依据实际履行情况及法律规定，要求违约方承担相应的法律责任。

2. 若未写入合同的内容是双方未实际履行或存在争议的部分

   • 法律背景：合同是双方意思表示一致的产物，是约束双方行为的重要依据。若某部分内容未写入合同，且双方未就该部分内容达成一致或存在争议，那么该部分内容在法律上可能无法得到直接的保护。
   • 法律建议：
     • 补充协议：双方可协商签订补充协议，将未写入合同的内容明确写入补充协议中，以确保双方的权利义务得到明确约定。
     • 证据保留：若双方无法就未写入合同的内容达成一致，建议各自保留相关证据（如聊天记录、邮件、证人证言等），以证明双方就该部分内容有过协商或约定。在发生争议时，这些证据可能有助于法院或仲裁机构查明事实，作出公正裁决。

3. 关于农村自建房协议的特有法律要求

   • 宅基地使用规定：根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，且宅基地的面积不得超过规定标准。若协议涉及宅基地的使用，必须确保符合“一户一宅”原则及面积标准，且需符合乡（镇）土地利用总体规划和村庄规划。
   • 建设规划许可：自建房前需取得乡村建设规划许可证等相关许可。若协议中未明确约定建房方有义务办理相关手续，或未取得合法许可进行建设，可能面临违建拆除等法律后果。

额外提醒：

• 合同形式：农村自建房协议最好以书面形式签订，明确工程内容、质量标准、工期、价款及支付方式等核心条款，并由双方签字盖章确认。这有助于减少争议，保护双方的合法权益。
• 审批与登记：在农村地区建房，还需经过相关政府部门的审批或许可。确保协议内容符合法律法规要求，并办理相关的审批与登记手续，是协议具有法律效力的重要保障。

总结与建议： 农村自建房双方协议书内容未加写到合同里面，其法律效益需根据实际情况判断。为确保双方权益，建议尽可能将所有约定内容明确写入合同中，并办理相关的审批与登记手续。若发生争议，应及时咨询专业律师，根据具体情况采取合适的法律措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。