结论前置：交通事故协议约定互不追究后，能否起诉保险公司需分情况讨论，具体如下：
协议效力范围：若协议中明确约定“互不追究”仅针对事故双方（如肇事方与受害方），且未涉及保险公司，则受害方仍有权依据保险合同关系向保险公司主张赔偿。例如，协议中写明“双方互不追究对方责任，但保留向保险公司索赔的权利”，此时起诉保险公司不受协议限制。
协议是否排除保险公司责任：若协议中明确约定“互不追究”包括保险公司（如“双方及保险公司互不追究”），或受害方明确放弃对保险公司的索赔权（如“受害方自愿放弃向保险公司主张赔偿的权利”），则起诉保险公司可能因违反协议约定而被驳回。但需注意，此类条款若未明确提示受害方（如未加粗、未单独说明），可能因显失公平或未尽告知义务而被认定无效。
保险公司是否已实际赔付：若保险公司已根据保险合同完成赔付（如肇事方已向保险公司理赔并转交赔偿款），则受害方再起诉保险公司可能因“一事不再理”原则被驳回。但若保险公司未赔付或赔付不足（如未覆盖全部损失），受害方仍有权就未赔偿部分起诉。
协议是否存在欺诈、胁迫等情形：若协议签订时存在欺诈、胁迫、重大误解等情形（如肇事方威胁受害方签订协议，否则不予赔偿），受害方可申请撤销协议，并重新向保险公司主张赔偿。此时需提供证据证明协议签订时的非自愿性。
行动建议：若您已签订此类协议，建议先核对协议内容，明确“互不追究”的具体范围；若协议未排除保险公司责任，或您怀疑协议存在无效情形，可收集证据（如协议文本、事故认定书、损失证明等）直接向我咨询，我将结合具体条款和案情，为您分析起诉保险公司的可行性及策略。