在知识产权确认不侵权之诉中，管辖问题通常遵循以下原则和规定：

1. 地域管辖原则：

   • 一般原则：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，确认不侵权之诉一般由被告住所地或者侵权行为地的人民法院管辖。这是基于地域管辖的基本原则，即原告就被告，便于法院调查取证和当事人参与诉讼。
   • 特殊情形：在知识产权领域，特别是专利权、商标权等，由于侵权行为可能涉及多个地区，因此侵权行为地可能包括侵权行为实施地、侵权结果发生地等。原告可以选择其中一个有管辖权的人民法院提起诉讼。

2. 级别管辖原则：

   • 一般原则：确认不侵权之诉的级别管辖通常根据案件的性质、影响范围以及标的额等因素来确定。一般来说，基层人民法院管辖第一审民事案件，但中级人民法院、高级人民法院和最高人民法院也可能根据具体情况管辖特定类型的案件。
   • 知识产权案件的特殊性：在知识产权领域，由于案件的专业性和复杂性，许多地区都设立了专门的知识产权法院或者知识产权审判庭来审理此类案件。因此，确认不侵权之诉可能由这些专门法院或者审判庭管辖，具体取决于案件的性质和影响范围。

3. 协议管辖原则：

   • 双方约定：如果双方当事人在合同中明确约定了确认不侵权之诉的管辖法院，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该约定通常会被法院认可并作为确定管辖的依据。
   • 注意事项：协议管辖必须明确、具体，且不得违反级别管辖和专属管辖的规定。如果协议管辖的约定不明确或者违反法律规定，那么该约定可能无效，法院将按照法定管辖原则来确定管辖法院。

4. 实际操作中的建议：

   • 明确诉讼请求和事实依据：在提起确认不侵权之诉时，原告应明确其诉讼请求和事实依据，以便法院能够准确判断案件的性质和管辖法院。
   • 咨询专业律师：由于知识产权确认不侵权之诉的管辖问题可能涉及复杂的法律条文和司法实践，因此建议原告在提起诉讼前咨询专业律师，以确保其诉讼请求的合法性和有效性。
   • 关注案件进展和法院通知：在诉讼过程中，原告应密切关注案件的进展和法院的通知，及时了解管辖法院的确定情况以及后续的诉讼程序。

举例说明：假设A公司认为B公司侵犯了其专利权，但B公司认为其行为不构成侵权。在此情况下，A公司可以向B公司住所地或者侵权行为地（如侵权行为实施地、侵权结果发生地）的人民法院提起确认不侵权之诉。如果双方在合同中明确约定了管辖法院，并且该约定合法有效，那么A公司也可以向该约定的人民法院提起诉讼。

总结：知识产权确认不侵权之诉的管辖问题涉及地域管辖、级别管辖和协议管辖等多个方面。在实际操作中，原告应根据案件的具体情况和法律规定来选择合适的管辖法院，并咨询专业律师以确保其诉讼请求的合法性和有效性。如果你有进一步的问题或需要具体的法律建议，可以直接向我咨询。