在商标侵权案件中，违法所得通常会被没收。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国商标法》第六十条的规定，对于商标侵权行为，工商行政管理部门（现市场监督管理部门）在认定侵权行为成立后，会责令立即停止侵权行为，并采取一系列处罚措施，其中包括没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，同时没收违法所得。这一规定明确了在商标侵权案件中，违法所得是需要被没收的。
二、违法所得的定义与计算
违法所得是指侵权人因侵权行为所获得的全部收入，在扣除直接用于经营活动的适当合理支出后剩余的数额。在商标侵权案件中，违法所得通常表现为销售侵权商品或服务获得的收入，也可能包括因侵权行为而获得的广告费、赞助费等间接收入。计算违法所得时，需考虑侵权人的实际获利情况，包括已售出商品或服务的收入等，并会根据侵权行为的性质、情节以及侵权人的主观过错程度等因素，综合确定违法所得的数额。
三、没收违法所得的处理流程
执行没收：市场监督管理部门在认定商标侵权行为成立后，会依法作出没收违法所得的行政处罚决定。当事人需在规定期限内将违法所得上缴至指定账户或地点。若对处罚决定不服，可申请行政复议或提起行政诉讼，但复议和诉讼期间不停止执行（除非法律另有规定）。
上缴国库：没收的违法所得通过特定的财政缴款渠道全额上缴国库，作为国家的财政收入。此过程受到财政、审计等部门的严格监督，以防止截留、挪用等违规行为。
特殊用途：在特定情况下，如果侵权行为给被侵权人造成了损失，且侵权人有能力赔偿，没收的违法所得可能会在一定程度上用于对被侵权人的赔偿。但这需依据具体的法律程序和判决来确定，并非所有情况下都会如此处理。
四、实际案例说明
以某公司商标侵权案为例，若该公司被市场监督管理部门认定存在商标侵权行为，且违法所得为一定数额（如10万元），则市场监督管理部门会作出没收该10万元违法所得的处罚决定。该公司需按照要求将10万元上缴至指定账户，随后市场监督管理部门会将该款项全额上缴国库。若侵权行为给被侵权人造成了损失，且该公司有能力赔偿，则可能根据法律程序和判决，将部分或全部违法所得用于赔偿被侵权人。
五、建议与注意事项
遵守法律法规：企业或个人在使用商标时，务必严格遵守相关法律法规，尊重他人的注册商标专用权，以避免不必要的法律风险和经济损失。
及时咨询专业律师：若面临商标侵权指控或发现他人侵犯自己的商标权，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务，并采取合适的法律措施维护自己的合法权益。
保留证据：在商标侵权案件中，证据是至关重要的。因此，建议企业或个人在发现商标侵权行为时，及时收集并保留相关证据，以便在后续的法律程序中证明自己的主张。
综上所述，商标侵权案件中的违法所得通常会被没收，并上缴国库作为国家的财政收入。在处理此类案件时，务必严格遵守法律法规，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。