在商标侵权案件中，对于未使用的标识，其经营额的计算主要依据《商标侵权案件违法经营额计算办法》来进行。以下是对这一问题的详细解答：
首先，需要明确的是，违法经营额是指当事人实施商标侵权行为所涉及的侵权商品价值总额或者因侵权所产生的营业收入。对于未使用的标识，如果它们被认定为将用于商标侵权行为（例如，已经制造完成但尚未附着侵权注册商标标识的商品，且有确实、充分证据证明该商品将侵犯他人注册商标专用权），那么这些标识所对应的商品价值应当计入违法经营额。
具体来说，对于尚未销售的侵权商品的价值计算，有以下几种方式：
按照已查清侵权商品的实际销售平均价格计算：如果能够查清侵权商品的实际销售平均价格，那么就按照这个价格来计算未销售商品的价值。
按照侵权商品的标价计算：如果实际销售平均价格无法查清，但侵权商品有标价，那么就按照标价来计算。
按照侵权发生期间被侵权商品的市场中间价格计算：如果无法查清实际销售价格或者侵权商品没有标价，那么就按照侵权发生期间被侵权商品的市场中间价格来计算。被侵权产品的市场中间价格可以按照被侵权人已公布的同种产品指导零售价格确定，如果没有公布指导零售价格，则可以通过市场抽样、此前市场销售价格或同类被侵权产品市场中间价格等方式来确定。
此外，还需要注意的是，如果当事人提供充分证据证明通过刷单等虚假销售手段增加的侵权商品销售数额，这部分数额是不计入违法经营额的。
综上所述，对于商标侵权案件中未使用的标识，其经营额的计算主要依据侵权商品的实际销售平均价格、标价或被侵权商品的市场中间价格来进行。在具体操作中，应遵循合法、合理、客观、公正的原则，确保违法经营额的计算准确无误。