针对您提出的“厂家仓库有商标侵权的原材料怎么办”这一问题，我会为您详细解答如下：

首先，当发现仓库中存在商标侵权的原材料时，首要任务是进行全面清查。您需要准确识别出这些侵权原材料的种类、数量、批次以及存放位置等信息，以便后续处理。

接下来，与相关商标权利人取得联系至关重要。您应诚恳地向商标权利人说明情况，表达解决问题的意愿，并积极寻求其授权或许可。如果能够获得商标权利人的授权，那么您就可以合法地使用这些原材料，从而避免进一步的法律纠纷。

然而，如果无法获得商标权利人的授权，那么您需要尽快制定妥善的处理方案。这可能包括对侵权原材料进行下架、召回、销毁等处理，以消除侵权隐患。在处理过程中，务必确保所有操作都符合相关法律法规的要求，避免因处理不当而引发新的法律问题。

同时，对企业内部的采购、仓储等环节进行全面排查和整改也是必不可少的。您需要加强知识产权管理，完善相关制度和流程，确保从采购到仓储的每一个环节都严格遵守知识产权法律法规，防止类似问题再次发生。

此外，与厂家的沟通也是关键一步。您可以与厂家进行协商，指出其提供的原材料存在商标侵权问题，要求其停止供应并承担相应的赔偿责任。在沟通过程中，务必保留好相关证据，如沟通记录、侵权原材料样品等，以备后续维权之需。

如果与厂家的沟通无果，或者厂家拒绝承担责任，那么您可以向市场监管部门投诉。市场监管部门有权责令厂家停止侵权行为，没收侵权原材料，并处以罚款等行政处罚。

最后，如果必要的话，您还可以直接起诉至法院。通过合法途径让厂家承担相应的法律责任，维护您的知识产权和合法权益。在起诉过程中，您需要提供充分的证据来证明厂家的侵权行为以及您因此遭受的损失。

综上所述，当发现仓库中存在商标侵权的原材料时，您应立即采取全面清查、与商标权利人联系、制定处理方案、排查整改内部环节、与厂家沟通、向市场监管部门投诉以及必要时起诉至法院等措施来维护您的合法权益和市场秩序。