关于商标侵权案件中民事案件和行政案件认定不同的问题，我可以从以下几个方面进行详细解释：
一、核心结论
商标侵权案件的民事认定和行政认定在性质、程序、法律依据及后果上均存在显著差异。民事案件主要关注权利人的经济损失赔偿，而行政案件则侧重于对侵权行为的行政处罚。
二、民事案件认定
- 性质：民事案件是权利人基于商标权被侵害而提起的诉讼，目的是要求侵权人停止侵权行为并赔偿经济损失。
- 程序：民事案件遵循民事诉讼程序，包括起诉、答辩、举证、质证、辩论等环节，最终由法院作出判决。
- 法律依据：主要依据《中华人民共和国商标法》及相关司法解释，如《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》。
- 认定标准：民事侵权通常要求存在有效的注册商标、侵权行为未经商标权人许可、侵权行为在相同或类似商品上使用相同或近似商标且容易导致混淆等要素。
- 后果：若侵权成立，侵权人需承担停止侵权、赔偿损失等民事责任。
三、行政案件认定
- 性质：行政案件是商标管理部门对商标侵权行为进行查处并作出行政处罚的行政行为。
- 程序：行政案件遵循行政执法程序，包括立案、调查、取证、听证、作出行政处罚决定等环节。
- 法律依据：主要依据《中华人民共和国商标法》及《中华人民共和国商标法实施条例》中关于行政处罚的规定。
- 认定标准：行政侵权同样要求存在有效的注册商标和侵权行为，但更注重侵权行为的客观存在和危害性，以及是否需要给予行政处罚来维护市场秩序。
- 后果：若侵权成立，商标管理部门将对侵权人作出罚款、没收违法所得、销毁侵权商品等行政处罚。
四、差异分析
- 目的不同：民事案件旨在保护权利人的合法权益，赔偿经济损失；而行政案件旨在维护市场秩序，打击违法行为。
- 程序不同：民事案件遵循民事诉讼程序，注重当事人之间的平等对抗；行政案件遵循行政执法程序，强调行政机关的主动查处。
- 法律依据不同：虽然都依据《商标法》，但民事案件更多依据关于民事赔偿的法律规定，而行政案件则依据关于行政处罚的法律规定。
- 后果不同：民事案件的结果是侵权人承担民事责任，如赔偿损失；而行政案件的结果是侵权人受到行政处罚，如罚款、没收等。
综上所述，商标侵权案件的民事认定和行政认定在多个方面均存在显著差异。在实际操作中，权利人可以根据具体情况选择通过民事诉讼还是行政途径来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。