商标侵权取证时间与起诉间隔三年，若从权利人知晓权利受损及义务人之日起算，且不存在诉讼时效中止、中断的情形，则已经过了诉讼时效。但存在特殊情况，即便超过三年起诉，仍可能获得一定救济。以下是对此问题的详细分析：

一、一般情况下的诉讼时效

根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在商标侵权案件中，这意味着商标注册人或利害关系人在发现侵权行为及侵权人后，三年内可以向法院提起诉讼，要求侵权人承担停止侵权、赔偿损失等民事责任。

二、超过诉讼时效的特殊情况

1. 侵权行为持续且商标有效：根据《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十八条，如果商标注册人或者利害关系人超过三年才起诉，但侵权行为在起诉时仍在持续，并且该注册商标专用权仍有效，那么人民法院仍然会判决被告停止侵权行为。不过，关于赔偿损失的部分，赔偿数额的计算时间并非从侵权行为开始之日起算，而是自权利人向人民法院起诉之日起向前推算三年。这意味着，即便侵权行为已经持续了很长时间，但超出三年的部分将不会被计入赔偿数额的计算中。

2. 诉讼时效的中止与中断：

   • 中止：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉总则编若干问题的解释》第三十五条，在诉讼时效期间的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，诉讼时效中止。从中止时效的原因消除之日起，诉讼时效期间继续计算。
   • 中断：同样根据该解释，权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等情形会导致诉讼时效中断，从中断时起，诉讼时效期间重新计算。

三、法律建议

1. 及时取证与起诉：为了避免超过诉讼时效，商标注册人或利害关系人在发现侵权行为后，应尽快进行取证并提起诉讼。这不仅可以防止证据灭失或难以获取新证据，还能避免侵权行为持续造成更大损失。
2. 关注特殊情况：如果取证未完成或存在合理事由导致无法及时起诉，应关注是否存在诉讼时效中止或中断的情形。例如，在诉讼时效期间的最后六个月内因不可抗力无法行使请求权时，应及时申请诉讼时效中止。
3. 咨询专业律师：在处理商标侵权案件时，由于涉及复杂的法律问题和证据收集，建议咨询专业律师以获取更详细的法律建议和指导。

综上所述，虽然一般情况下商标侵权案件的诉讼时效为三年，但存在特殊情况时即便超过三年起诉仍可能获得一定救济。不过，为了更好地维护自身权益，建议商标注册人或利害关系人在发现侵权行为后尽快进行取证并提起诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。