版权局已经罚款了，被侵权人仍然可以再申请赔偿。以下从不同角度为您详细分析：
一、版权局罚款与民事赔偿的性质不同
版权局的罚款属于行政处罚，是版权局对侵权人违反版权法律法规行为的一种制裁，旨在维护版权市场的秩序和公平竞争。而被侵权人申请的赔偿则属于民事赔偿，是被侵权人因侵权行为遭受损失后，依法向侵权人主张的经济补偿。两者性质不同，互不影响。
二、被侵权人申请赔偿的法律依据
根据《著作权法》第五十四条：“侵犯著作权或者与著作权有关的权利的，侵权人应当按照权利人的实际损失给予赔偿；实际损失难以计算的，可以按照侵权人的违法所得给予赔偿。赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。权利人的实际损失或者侵权人的违法所得不能确定的，由人民法院根据侵权行为的情节，判决给予五十万元以下的赔偿。”
这意味着，无论版权局是否已经对侵权人进行了罚款，被侵权人都有权根据自己的实际损失或侵权人的违法所得，向侵权人主张赔偿。
三、被侵权人申请赔偿的流程与注意事项
收集证据：被侵权人需要收集能够证明自己遭受损失以及侵权人违法所得的证据，如侵权作品的销售记录、侵权行为的宣传资料等。
与侵权人协商：在正式提起诉讼前，被侵权人可以尝试与侵权人进行协商，看是否能够达成赔偿协议。
提起诉讼：如果协商无果，被侵权人可以向人民法院提起诉讼，要求侵权人赔偿自己的损失。在诉讼过程中，被侵权人需要提交相关证据，并接受法院的审理和判决。
执行判决：如果法院判决侵权人赔偿被侵权人的损失，但侵权人拒不履行判决，被侵权人可以向法院申请强制执行。
注意事项：
四、特殊情况下的赔偿申请
在某些特殊情况下，如侵权人恶意侵权、情节严重等，被侵权人还可以根据相关法律法规，主张惩罚性赔偿。这进一步体现了法律对被侵权人权益的保护。
综上所述，版权局已经罚款了，被侵权人仍然可以再申请赔偿。如果您在版权方面遇到了问题，或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。