合同中约定的百分之二十违约金，其计算基数是否按照实际付款来算，这主要取决于合同的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同有明确约定的情况：

   • 如果合同中明确规定了违约金的计算基数是实际付款金额，那么双方应当按照这一约定来执行。例如，合同中可能写明“若一方违约，需向另一方支付实际付款金额百分之二十的违约金”。在这种情况下，违约金的计算就是基于实际已经支付的款项。

2. 合同未明确约定的情况：

   • 如果合同中没有明确约定违约金的计算基数，那么就需要根据相关法律法规以及合同的整体内容、交易习惯等来综合判断。
   • 在一般情况下，如果合同涉及的是金钱给付义务，且没有特别约定违约金计算基数的情况下，违约金可能会以合同总金额或者应付款项为计算基数。但这也并非绝对，因为具体案件的具体情况可能会有所不同。
   • 此外，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。这意味着，即使合同中有约定违约金，但如果其数额过高，也可能被调整。

3. 实际案例与司法实践：

   • 在司法实践中，法院或仲裁机构在审理合同纠纷时，会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度、实际损失等因素，来确定违约金的数额。
   • 如果合同中的违约金条款被认定为显失公平或者违反法律法规的强制性规定，那么该条款可能会被认定为无效或者被调整。

建议：

• 在签订合同时，双方应当明确约定违约金的计算基数和计算方式，以避免后续产生纠纷。
• 如果合同中已经约定了违约金条款，但双方对条款的理解存在争议，或者认为条款可能显失公平，那么可以寻求法律途径来解决争议。
• 在处理合同纠纷时，建议咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

示例说明： 假设甲乙双方签订了一份买卖合同，合同总金额为100万元。合同中约定：“若乙方违约，需向甲方支付合同总金额百分之二十的违约金。”后来，乙方确实违约了，但只支付了50万元的货款。在这种情况下，如果按照合同总金额计算违约金，那么乙方需要支付20万元的违约金；但如果合同中明确约定了以实际付款金额为计算基数，那么乙方就只需要支付10万元的违约金（50万元的20%）。

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