结论：公司章程和股东协议没有纸质版只有电子登记，在符合一定条件下，仍可认定股东身份。不过，具体认定情况需结合电子登记的合法性、内容完整性以及是否满足法定形式要件等多方面因素综合判断。
分析说明：
电子登记的合法性：
- 在数字化时代，电子文档和电子签名在法律上逐渐被认可。根据《中华人民共和国电子签名法》等相关法律法规，只要电子签名符合法定要求，且电子文档的内容真实、完整、未被篡改，那么电子登记就具有法律效力。
- 因此，如果公司章程和股东协议的电子登记是通过合法方式进行的，比如使用了可靠的电子签名技术，且能够证明文档的真实性和完整性，那么这种电子登记是可以作为认定股东身份的依据的。
内容完整性：
- 公司章程和股东协议是认定股东身份的重要文件，它们应当详细记录股东的信息、出资情况、股权比例、权利义务等关键内容。
- 如果电子登记的内容完整、准确，且能够清晰反映股东的身份和权益，那么即使没有纸质版文件，也可以根据电子登记来认定股东身份。
法定形式要件：
- 除了电子登记的合法性和内容完整性外，还需要考虑是否满足法定形式要件。例如，某些情况下，法律可能要求公司章程和股东协议必须采用书面形式，并经过特定程序（如公证、登记等）才具有法律效力。
- 如果电子登记已经通过合法方式满足了这些法定形式要件，那么它就可以作为认定股东身份的有效证据。
实际操作中的考量：
- 在实际操作中，为了降低风险和避免纠纷，建议公司在处理公司章程和股东协议时，尽量同时保留纸质版和电子版文件。
- 如果确实只有电子版文件，那么应当确保电子文档的存储安全、备份完整，并定期进行更新和维护，以防止数据丢失或被篡改。
特殊场景：
- 如果公司章程和股东协议的电子登记存在瑕疵（如电子签名不合法、内容被篡改等），那么这种电子登记可能无法作为认定股东身份的依据。此时，可能需要通过其他证据（如出资证明、股东名册、公司决议等）来辅助认定股东身份。
行动建议：
- 对于公司而言，为了保障股东权益和避免纠纷，建议在公司章程和股东协议的制定和修改过程中，尽量采用书面形式，并经过合法程序进行登记和备案。
- 如果确实需要采用电子形式进行登记和备案，那么应当确保电子签名的合法性和电子文档的真实性、完整性，并妥善保存相关证据。
- 对于股东而言，如果发现自己的股东身份存在争议或疑问，应当及时向公司咨询并查阅相关文件（包括纸质版和电子版），必要时可以寻求法律帮助来维护自己的权益。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。