核心结论：在已经归还借条上的借款但借条未收回的情况下，你应当采取一系列措施来确保自身权益不受损害，包括保留还款证据、与出借人沟通协商、考虑法律公证，并在必要时通过法律途径解决纠纷。

详细分析与建议：

1. 保留还款证据：

   • 转账还款：如果你通过银行转账或网上支付平台（如微信支付、支付宝等）进行了还款，务必保存好转账记录。这些记录应包含转账时间、金额、双方账户信息等关键内容，并可在转账备注中明确注明该笔款项为偿还特定借条的借款。这样，在后续可能出现的纠纷中，转账记录将成为证明你已还款的有力证据。
   • 现金还款：若你以现金方式还款，应要求出借人出具收条。收条上需写明还款金额、时间、对应借条信息，并由出借人签字确认。同时，你可以考虑邀请无利害关系的第三人作为见证人，以增强收条的证明力。

2. 沟通与协商：

   • 还款后，你应立即与出借人沟通，提醒其归还或销毁借条。沟通过程可以通过电话、短信、微信等方式进行，并保留相关聊天记录或通话录音作为辅助证据。
   • 如果出借人暂时无法归还借条，你应要求其至少在聊天记录或通话中明确表示借款已还清，借条失效。这样，即使借条仍在出借人手中，也无法再作为要求你还款的依据。

3. 法律公证：

   • 如果双方对还款事宜存在疑虑，你可以与出借人共同前往公证处对还款事实进行公证。公证书具有较高的法律效力，可以作为证明还款事实的权威证据。在公证过程中，公证员会对双方的身份、还款事实等进行核实，并出具公证书。

4. 留存其他关联证据：

   • 除了上述还款证据外，你还应收集与借款、还款相关的其他证据，如借款时的聊天记录、邮件往来等。这些材料可以与还款证据相互印证，形成完整的证据链，进一步增强你的证明力。

5. 法律途径解决纠纷：

   • 如果出借人恶意凭借条再次要求你还款，你可以凭上述保留的证据维护自身权益。在双方无法协商解决的情况下，你可以向人民法院提起诉讼。
   • 在法庭上，你需要提供充分证据证明自己已履行还款义务。法院将根据证据和法律规定作出判决，如果判决你胜诉，出借人将无法再凭借条要求你还款。

总结与建议： 虽然借条未能及时收回可能带来一定的法律风险，但只要你保留了充分的还款证据，并采取了适当的应对措施，你的权益仍然可以得到有效保护。为避免类似问题再次发生，我建议你在未来的借贷交易中，在还款时确保借条的及时收回或销毁，并与出借人明确约定还款证明的出具方式。如果你有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。