如果您已经偿还了借款但借条没有拿回来，这确实可能会带来一些潜在的麻烦。不过，不用担心，以下是一些建议来帮助您应对这种情况：

首先，您应该尽快与借款人进行沟通，明确说明您已经偿还了借款但借条遗失的情况。您可以请求借款人出具一份收到还款的书面凭据，以证明借款已经清偿，并表明原借条已经作废。如果借款人同意，这将是最直接且有效的解决方式。

如果借款人拒绝出具书面凭据，您也不必过于担心。您可以保留转账记录、聊天记录或其他能够证明您已经还款的证据。这些证据在日后可能出现的纠纷中将起到至关重要的作用。同时，您也可以尝试寻找其他见证过借款还款过程的证人，让他们出具证人证言来证实借款已经归还。

如果以上方法都无法解决问题，您可以考虑向法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明您已经偿还了借款。这些证据可以包括转账记录、聊天记录、证人证言等。如果法院认定您已经偿还了借款，那么原借条将失去法律效用。

需要注意的是，借条是证明借贷关系存在的关键书证。如果还款后未收回借条，当出借人否认还款事实再次追款时，您可能会面临举证困难的局面。因此，在处理这种情况时，一定要积极主动地采取措施来维护自身的合法权益。

另外，关于还款协议书的法律时效和违约金计算方式，这也是您需要关注的重要方面。一般来说，还款协议具备法律规定的时效性，通常是三年。而违约金的计算方式则需要根据双方协商达成的约定来执行。如果约定的违约金过高或过低，双方都有权向法院或仲裁机构提出申请进行调整。

总之，面对已经偿还借款但借条没有拿回来的情况，您应该保持冷静并尽快采取措施来解决问题。通过与借款人沟通、保留证据、寻找证人或向法院提起诉讼等方式，您可以有效地维护自身的合法权益。