结论前置：公司不可以随意以迟到为由扣员工工资，而需依据合法有效的规章制度，并确保扣薪行为合理且符合法定程序。以下是对此问题的详细分析：
可以扣工资的情况
规章制度合法且明确：
- 公司必须制定合法有效的规章制度，明确将迟到列为违纪行为，并设定合理的扣薪标准。规章制度的制定需遵循《劳动合同法》第四条的规定，即应经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并确保内容合法、合理。
- 例如，公司可以在规章制度中规定：“员工迟到每次扣减当月工资的X%，但每月扣减总额不得超过当月工资的20%，且扣减后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。”
规章制度已公示或告知员工：
- 规章制度制定后，公司应通过公告栏张贴、组织员工培训学习、让员工签署知晓确认书等方式，确保员工充分了解并知晓迟到会被扣工资以及具体的扣薪规则。
扣薪幅度合理：
- 扣薪幅度应保持在合理范围内，不能因迟到一次就扣除过多工资，以免影响劳动者的基本生活。扣除的工资数额应与迟到给公司造成的实际损失相当，确保扣薪行为的公正性和合理性。
- 例如，如果员工迟到几分钟，公司扣除了其当天全部工资，这种做法显然是不合理的。
不可以扣工资的情况
规章制度不合法或未制定：
- 如果公司没有制定相关的规章制度，或者规章制度的制定程序不合法（如未经职工讨论和协商、未进行公示或告知劳动者），则公司不能以迟到为由扣工资。
扣薪幅度不合理：
- 若公司扣薪幅度过大，严重损害了劳动者的合法权益，即使公司有规章制度，该扣薪行为也可能被认定为违法。
- 例如，公司规定迟到一次扣减当月工资的50%，这种规定显然是不合理的，且可能违反法律法规。
缺乏法律依据：
- 根据现行法律法规，《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》等并未赋予用人单位对劳动者进行罚款的权利（除因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的赔偿外）。因此，如果公司以迟到为由直接扣除员工工资，而没有其他合法依据，则构成对劳动者合法权益的侵犯。
应对措施
如果劳动者认为公司以迟到为由扣工资的行为不合法，可以采取以下措施维护自己的权益：
- 与公司协商：首先与公司进行协商解决，尝试通过沟通达成和解。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。
- 申请劳动仲裁：必要时，劳动者还可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益，确保得到公正的处理结果。
注意事项
- 扣款金额限制：根据相关规定，即使因劳动者原因给用人单位造成经济损失需要赔偿，每月扣除的部分也不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 扣款范围：扣款时应针对岗位工资、绩效工资等可变部分进行，不应扣减基本工资。
- 特殊情况处理：对于不可抗力因素导致的迟到（如自然灾害、交通事故等），公司一般不应扣工资。对于首次迟到且情节轻微的情况，公司可以考虑给予警告、提醒等人性化处理方式。
综上所述，公司在处理员工迟到问题时，应严格遵循法律法规的要求，制定合法有效的规章制度，并确保扣薪行为的合理性和合法性。同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，在遇到不合法的扣薪行为时及时采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。