若法官在调解时未充分了解案件事实，导致调解书侵犯了第三人的合法权益，第三人可以采取以下措施来维护自己的权益：
申请再审：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，如果调解书违反自愿原则或者调解协议的内容违反法律，第三人可以申请再审。特别是当调解书的内容直接侵害了第三人的合法权益时，第三人有权向法院提出再审申请。
- 操作建议：第三人应准备充分的证据，证明调解书的内容确实侵犯了其合法权益，如调解书中的事实认定错误、法律适用不当等。同时，第三人需要按照法律规定的程序，向有管辖权的法院提交再审申请书及相关证据材料。
提起第三人撤销之诉：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第五十九条的规定，对当事人双方的诉讼标的，第三人认为有独立请求权的，有权提起诉讼。对当事人双方的诉讼标的，第三人虽然没有独立请求权，但案件处理结果同他有法律上的利害关系的，可以申请参加诉讼，或者由人民法院通知他参加诉讼。人民法院判决承担民事责任的第三人，有当事人的诉讼权利义务。前两款规定的第三人，因不能归责于本人的事由未参加诉讼，但有证据证明发生法律效力的判决、裁定、调解书的部分或者全部内容错误，损害其民事权益的，可以自知道或者应当知道其民事权益受到损害之日起六个月内，向作出该判决、裁定、调解书的人民法院提起诉讼。人民法院经审理，诉讼请求成立的，应当改变或者撤销原判决、裁定、调解书；诉讼请求不成立的，驳回诉讼请求。
- 操作建议：第三人应在知道或应当知道其权益受到侵害之日起六个月内，向作出调解书的法院提起第三人撤销之诉。在提起诉讼时，第三人需要提交起诉状及相关证据材料，证明调解书的内容确实侵犯了其合法权益。
寻求其他法律救济途径：
- 协商与调解：在提起诉讼之前，第三人也可以尝试与当事人进行协商，看是否能够达成和解协议，从而避免不必要的法律纠纷。如果协商无果，第三人还可以考虑通过调解组织进行调解，以寻求更快速、更经济的解决方案。
- 投诉与举报：如果第三人认为法官在调解过程中存在违法行为或不当行为，如偏袒一方当事人、未充分了解案件事实等，第三人可以向法院的监察部门或上级法院进行投诉或举报。虽然这并不能直接撤销或改变调解书的内容，但可以对法官的违法行为进行查处，并可能促使法院重新审视调解书的合法性。
在采取上述措施时，第三人需要注意以下几点：
- 及时行动：无论是申请再审还是提起第三人撤销之诉，第三人都需要在法定的期限内提出，否则可能会丧失救济的机会。
- 准备充分证据：第三人需要准备充分的证据来证明调解书的内容确实侵犯了其合法权益，否则法院可能不会支持其请求。
- 寻求专业帮助：由于法律程序复杂且专业性强，第三人在采取行动前最好咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保护。
若你作为第三人遇到了类似情况，且不清楚如何具体操作或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律建议。