在商铺租赁合同中，如果甲方违反了独家经营的约定，乙方可以采取以下步骤来维护自己的权益：

首先，乙方需要仔细审查租赁合同中的相关条款，特别是关于独家经营权的约定以及违约责任的规定。这将有助于乙方明确自己的权利和责任，以及甲方违约时应承担的后果。

如果合同中明确规定了甲方违约时的责任承担方式，乙方可以要求甲方按照合同约定来承担违约责任。这可能包括要求甲方退回已支付的房租、支付违约金，或者赔偿因违约行为给乙方造成的损失。

如果合同中没有明确约定违约责任，或者乙方认为甲方违约造成的损失超过了合同约定的违约金数额，乙方可以要求甲方赔偿实际损失。这包括直接损失，如经营利润下滑，以及间接损失，如为履行合同而做出的前期投资所产生的费用。

在处理此类纠纷时，乙方应确保收集并妥善保存所有相关证据，如合同文本、交易记录、书面交流等。这些证据将有助于证明甲方的违约行为以及乙方因此遭受的损失。

如果双方无法通过协商达成一致，乙方可以向法院提起诉讼，要求甲方承担违约责任并赔偿损失。在诉讼过程中，乙方需要提供充分的证据来支持自己的主张，并按照法院的要求进行诉讼程序。

总之，在商铺租赁合同中，如果甲方违反了独家经营的约定，乙方应依据合同条款和法律规定来维护自己的权益。通过协商或诉讼等方式，乙方可以要求甲方承担违约责任并赔偿因违约行为造成的损失。