在仅凭支票存根和收据，没有转账凭证的情况下，是否能认定款项已支付，需结合具体情况综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 支票存根与收据的法律效力

   • 支票存根是出票人出票时留下的凭证，它证明了出票人曾经签发过某张支票，但并不能直接证明该支票已经被银行兑付，即款项已经实际支付。
   • 收据是收款方出具的证明收到款项的凭证。如果收据上明确注明了收款金额、收款日期、收款方式（如现金、支票等）以及收款人签名或盖章，那么它在一定程度上能够证明款项的支付情况。然而，如果收据内容模糊或存在瑕疵（如未注明收款方式、签名不真实等），则其证明力会受到影响。

2. 转账凭证的重要性

   • 转账凭证是证明款项实际支付的最直接、最有力的证据。它记录了款项从付款方账户转移到收款方账户的具体过程，包括转账时间、转账金额、转账双方账户信息等。
   • 在没有转账凭证的情况下，如果仅凭支票存根和收据来证明款项已支付，可能会面临举证不足的风险。因为支票存根只能证明支票的签发，而不能证明支票的兑付；收据虽然能证明收款方收到了款项，但如果收款方否认或提出异议，仅凭收据可能难以完全证明款项的实际支付。

3. 综合判断与举证责任

   • 在没有转账凭证的情况下，要认定款项已支付，需要综合考虑支票存根、收据以及其他相关证据（如银行对账单、支票兑付记录、双方交易习惯等）。
   • 如果付款方能够提供充分的证据证明支票已经兑付（如银行出具的支票兑付记录），或者收款方在收据上明确确认了款项的支付方式（如注明“已收支票”并签名盖章），那么在没有转账凭证的情况下，也有可能认定款项已支付。
   • 然而，如果付款方无法提供充分的证据证明款项的实际支付，或者收款方对款项的支付提出异议，那么付款方可能需要承担举证不能的法律后果。

4. 法律建议

   • 为了避免因证据不足而引发的纠纷，建议在交易过程中尽量使用转账等可追溯的支付方式，并保留好相关的转账凭证。
   • 如果确实需要使用支票等支付方式，应确保支票的兑付过程有明确的记录，并在收据上详细注明收款方式、金额等信息，以便在需要时提供充分的证据证明款项的支付情况。

总结来说，仅凭支票存根和收据而没有转账凭证，并不能直接认定款项已支付。是否能够认定款项已支付，需要结合具体情况综合判断，并考虑举证责任的问题。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。