结论：快递公司是否承担责任，需根据具体情况判断，主要取决于其是否尽到了合理的审查义务以及是否存在过错。以下从不同角度进行分析：
一、快递公司的基本义务
快递公司在运输过程中，有义务确保货物的安全，并遵守相关法律法规。对于烟草制品这类特殊商品，快递公司需要特别注意其运输的合法性。根据《中华人民共和国烟草专卖法》及相关规定，运输烟草制品必须持有烟草专卖行政主管部门或者烟草专卖行政主管部门授权的机构签发的准运证。无准运证的，不得运输烟草制品。
二、快递公司未违规发烟但被扣货的情况分析
快递公司已尽审查义务：
- 如果快递公司在收寄时已经对货物进行了合理的审查，并确认货物不属于违禁品或需要特殊许可的物品，但因烟草专卖行政主管部门的误判或其他原因导致货物被扣，那么快递公司在此情况下通常不承担责任。
- 快递公司可以提供相关证据，如收寄时的验视记录、货物清单等，以证明其已尽到了合理的审查义务。
快递公司未尽审查义务：
- 如果快递公司在收寄时未对货物进行充分的审查，或者明知货物属于需要特殊许可的烟草制品而未要求寄件人提供相关证明，导致货物被扣，那么快递公司可能因未尽审查义务而承担一定的责任。
- 在这种情况下，快递公司可能需要承担货物损失、赔偿寄件人因此遭受的损失等法律责任。
三、快递公司可能面临的法律后果
- 行政处罚：如果快递公司违反了烟草专卖法律法规，如未经许可运输烟草制品，可能面临烟草专卖行政主管部门的行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
- 民事赔偿：如果快递公司因未尽审查义务导致货物被扣，并给寄件人造成了损失，快递公司可能需要承担民事赔偿责任。
四、建议与措施
- 加强审查：快递公司应加强对货物的审查力度，确保货物不属于违禁品或需要特殊许可的物品。对于疑似烟草制品的货物，应要求寄件人提供相关证明文件。
- 完善流程：快递公司应完善收寄流程，确保每一步都有明确的记录和证据，以便在出现问题时能够提供有力的证明。
- 法律咨询：如果快递公司对货物的合法性存在疑问，或者面临法律纠纷，应及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。
总结：快递公司在运输烟草制品时，必须严格遵守相关法律法规，尽到合理的审查义务。如果因未尽义务导致货物被扣，快递公司可能需要承担相应的法律责任。因此，快递公司应加强内部管理，完善收寄流程，并在必要时寻求专业法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。