商铺销售中收取溢价是否合法，需分情况讨论：
若溢价部分已明确写入合同并依法纳税：
- 合法性分析：在商铺销售过程中，如果买卖双方就溢价部分达成一致，并且将该溢价明确写入购房合同中，同时按照法律规定缴纳了相应的税费，那么这种收取溢价的行为是合法的。因为合同是双方自愿达成的协议，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，就是有效的。而依法纳税则是公民和企业的法定义务，履行了这一义务，就进一步确保了交易的合法性。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。同时，根据税收法律法规，纳税人应当按照规定缴纳税款。
若溢价部分未写入合同或未依法纳税：
- 合法性分析：如果商铺销售中的溢价部分没有写入购房合同，或者虽然写入了合同但未依法缴纳税费，那么这种收取溢价的行为就可能涉嫌违法。未写入合同的溢价部分可能被视为“阴阳合同”中的“阴合同”，这种合同往往是为了逃避税费或进行其他非法目的而签订的，因此是无效的。而未依法纳税则直接违反了税收法律法规，可能面临税务机关的处罚。
- 法律后果：对于未写入合同的溢价部分，如果双方因此产生纠纷，法院可能不会认可该部分的效力，导致卖方无法获得预期的收益。对于未依法纳税的行为，税务机关将依法进行处罚，包括补缴税款、加收滞纳金、罚款等。在严重的情况下，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
建议与提醒：
- 在商铺销售过程中，买卖双方应当明确约定交易价格及各项费用，并将所有约定内容写入购房合同中，以确保交易的透明度和合法性。
- 双方应当依法缴纳税费，履行公民和企业的法定义务，避免因逃税等违法行为而面临法律风险。
- 如果对商铺销售中的溢价问题存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师或相关税务部门，以获取准确的法律意见和税务指导。
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