一个案件中存在两个案由，前者可以认定而后者存有争议的情况下，是可以同时进行认定和处理的，但具体需根据案件性质和法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 案件性质与案由的关系：

   • 案由是案件性质的体现，它反映了案件所涉及的法律关系和争议焦点。在一个案件中，可能存在多个法律关系或争议焦点，因此也可能存在多个案由。
   • 当案件中存在两个或多个案由时，法院会根据案件的具体情况和法律规定，对每个案由进行独立的审查和判断。如果其中一个案由的事实清楚、证据充分、法律适用明确，法院可以先行对该案由进行认定和处理。
   • 对于存有争议的案由，法院会进一步审查相关证据和法律规定，以确定是否能够成立。如果争议无法解决或证据不足，法院可能会对该案由不予认定或留待后续处理。

2. 法律程序与案由的处理：

   • 在诉讼程序中，法院会按照法定程序对案件进行审理。对于多个案由的案件，法院可能会分别进行审理，或者合并审理但分别作出判决。
   • 如果其中一个案由的认定不影响其他案由的审理，法院可以先行对该案由进行认定和处理。例如，在合同纠纷中，如果合同效力的问题（一个案由）与合同履行的问题（另一个案由）相对独立，法院可以先对合同效力进行认定，再对合同履行问题进行审理。
   • 对于存有争议的案由，如果其认定对案件整体结果有重大影响，法院可能会要求当事人进一步补充证据或进行辩论，以确保案件的公正审理。

3. 实践中的操作与考量：

   • 在实践中，法院会根据案件的具体情况和法律规定，灵活处理多个案由的案件。例如，对于涉及多个法律关系的复杂案件，法院可能会采用分步审理的方式，先对事实清楚、法律关系明确的案由进行审理和判决，再对存有争议的案由进行进一步审理。
   • 法院在处理多个案由的案件时，也会考虑诉讼效率、当事人权益保护等因素。如果先行认定一个案由有助于推动案件整体进展或保护当事人合法权益，法院可能会选择先行认定。

法律建议：

• 如果您面临的案件中存在多个案由，且其中一个案由已经得到认定而另一个案由存有争议，建议您及时与法院沟通，了解法院对案件的处理意见和计划。
• 同时，您也可以积极准备相关证据和法律依据，以支持您对存有争议的案由的主张。如果需要，您可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护您的合法权益。

可能法律后果：

• 如果法院先行认定了一个案由，而该认定对后续审理的存有争议的案由产生影响（如作为证据使用），那么您需要关注该认定对案件整体结果的可能影响，并做好相应的应对准备。
• 如果存有争议的案由最终无法得到认定或法院作出了不利于您的判决，您可以考虑通过上诉等法律途径来维护自己的权益。