公司使用两个库存软件本身并不违法，但需根据具体情况判断其合规性及潜在风险。以下从不同角度为你详细分析：

一、合法性角度

1. 软件使用许可：

   • 公司使用任何软件，包括库存软件，都应确保已获得合法的使用许可。这通常意味着公司需要购买软件的正版授权，或者与软件供应商签订使用协议。只要公司遵守了这些许可协议，使用两个或更多库存软件并不违反法律。

2. 数据安全与隐私保护：

   • 在使用多个库存软件时，公司需确保数据的安全性和隐私保护。这包括防止数据泄露、确保数据准确性和完整性，以及遵守相关的数据保护法规（如《个人信息保护法》等）。如果公司能够妥善管理这些数据，并采取必要的安全措施，那么使用多个库存软件并不构成违法行为。

二、潜在风险与合规性建议

1. 数据一致性与同步问题：

   • 使用多个库存软件可能导致数据不一致或同步问题。例如，不同软件之间的库存数量、出入库记录等可能存在差异，这可能导致公司管理上的混乱和决策失误。因此，公司需要建立有效的数据同步机制，确保各软件之间的数据一致性。
   • 合规性建议：公司可以考虑使用集成化的库存管理系统，或者通过API接口等方式实现不同软件之间的数据同步。同时，定期对数据进行核对和审计，以确保数据的准确性。

2. 软件兼容性与技术支持：

   • 不同库存软件之间可能存在兼容性问题，这可能导致软件无法正常运行或数据丢失。此外，如果公司同时使用多个软件，可能需要更多的技术支持和维护工作。
   • 合规性建议：在选择库存软件时，公司应考虑软件的兼容性和可扩展性。同时，与软件供应商建立良好的合作关系，确保在遇到问题时能够及时获得技术支持和解决方案。

3. 内部管理流程与培训：

   • 使用多个库存软件可能要求公司调整其内部管理流程，并对员工进行相应的培训。如果公司未能妥善管理这些变化，可能导致工作效率下降或操作失误。
   • 合规性建议：公司应制定明确的内部管理流程，确保员工能够正确、高效地使用多个库存软件。同时，定期对员工进行培训，提高他们的操作技能和合规意识。

三、特殊情况考虑

• 如果公司使用两个库存软件是为了进行非法活动（如逃税、虚假记账等），那么这种行为显然是违法的。公司应确保所有软件的使用都符合法律法规的要求，并避免任何非法行为。

总结来说，公司使用两个库存软件本身并不违法，但需确保软件使用的合法性、数据安全与隐私保护、数据一致性、软件兼容性以及内部管理流程的合规性。如果你在公司法务方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。