核心结论：土地流转后建厂未确权，需根据流转性质、建厂合法性等不同情况，通过协商、行政程序或法律途径解决确权问题。以下是具体分析：

一、明确土地流转性质与建厂合法性

1. 流转性质
   需先确认土地流转是合法流转（如通过村集体组织、签订书面合同并备案）还是私下流转。若为合法流转，后续确权有法律依据；若为私下流转，可能面临合同无效风险，需先补办合法手续。

2. 建厂合法性

   • 合规建厂：若建厂符合土地规划（如工业用地）、通过环评、取得建设许可证等，可主张确权；
     
   • 违规建厂：若未取得审批手续（如占用耕地、未批先建），可能面临拆除风险，需先补办手续或接受处罚后再确权。

二、分情况解决确权问题

1. 情况一：土地流转合法，建厂合规

   • 步骤：
     （1）收集证据：流转合同、付款凭证、建厂审批文件（如规划许可证、施工许可证）、土地现状照片等；
     （2）向当地自然资源部门申请确权，提交材料并说明流转及建厂情况；
     （3）若部门未受理，可申请行政复议或提起行政诉讼，要求履行确权职责。
     
   • 法律依据：
     《土地管理法》第14条：土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。
     

2. 情况二：土地流转合法，但建厂违规

   • 步骤：
     （1）先补办建厂手续（如补缴土地出让金、补办规划许可）；
     （2）接受行政处罚（如罚款、限期整改）；
     （3）完成整改后，再按情况一申请确权。
     
   • 风险提示：
     若无法补办手续或整改未达标，可能面临厂房拆除，土地恢复原状，确权难度增加。

3. 情况三：土地流转违法（如私下流转、改变用途）

   • 步骤：
     （1）与原流转方协商，重新签订合法流转合同并备案；
     （2）若协商不成，可起诉原流转方，要求确认合同无效并返还土地；
     （3）若需继续使用土地，需重新通过合法程序流转（如招标、拍卖）。
     
   • 法律依据：
     《农村土地承包法》第36条：承包方可以自主决定依法采取出租（转包）、入股或者其他方式向他人流转土地经营权，并向发包方备案。

三、关键建议

1. 优先协商：与原流转方、村集体或相关部门沟通，明确责任分工（如补办手续、分担费用）；
   
2. 保留证据：所有流转、建厂文件需留存原件，避免口头协议；
   
3. 及时行动：确权争议有时效限制（一般为2年），逾期可能丧失权利。
   

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