公司与个人签订协议，在符合相关法律法规和双方真实意愿的前提下，是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、协议合法的法律基础
《民法典》的适用：
- 根据《民法典》第四百六十四条，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。这意味着公司与个人之间的协议，作为合同的一种，同样受《民法典》的调整和保护。
协议有效的一般条件：
- 行为能力：公司和个人作为协议的双方，必须具备相应的民事行为能力。公司应通过其法定代表人或授权代理人进行民事行为，而个人则需为完全民事行为能力人，能够理解并独立承担协议所带来的法律后果。
- 意思表示真实：协议内容应反映双方的真实意愿，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。如存在此类情况，根据《民法典》相关规定，受影响的一方有权请求撤销协议。
- 合法性：协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背社会公共秩序和善良风俗。否则，协议将被视为无效。
二、不同类型协议的合法性分析
劳务协议：
- 合法情况：若个人作为劳务提供者，为公司提供临时性、辅助性的劳动服务（如办公室清洁、临时翻译等），且个人具备提供相应劳务的能力和资格，则双方签订的劳务协议是合法有效的。这要求协议基于平等自愿、协商一致的原则，并符合法律法规的规定。
- 不合法情况：若个人不具备从事特定劳务工作的资质或能力（如需要特定职业资格证书的工种），则与公司签订的劳务协议可能因违反法律强制性规定而无效。
工程承包协议（针对特定行业，如建筑）：
- 不合法情况：根据《建筑法》等相关法律法规，建筑工程施工活动的主体必须具备相应的资质等级。因此，个人因不具备建筑施工资质而与公司签订的工程承包协议是违法无效的。此类协议违反了关于施工主体资质的严格要求，旨在保障工程质量和施工安全。
- 例外情况：尽管工程承包协议可能因资质问题被认定为无效，但若个人作为实际施工人完成了工程建设且工程经验收合格，根据相关司法解释，其可参照协议约定要求公司支付工程价款。这是对实际施工人权益的特定保护，但并不意味着协议本身合法有效。
其他类型协议：
- 对于其他类型的协议，如买卖合同、租赁合同等，只要双方具备相应的民事行为能力、意思表示真实、协议内容合法，且符合相关法律法规的规定，就是合法有效的。
三、确保协议合法的建议
- 了解法律法规：在签订协议前，双方应充分了解相关法律法规的要求，确保协议内容不违反法律的禁止性规定。
- 明确协议内容：协议应明确双方的权利和义务，包括协议的目的、标的、数量、质量、价款、履行期限、履行地点和方式、违约责任等条款。
- 选择合适的协议形式：根据协议的性质和内容，选择合适的协议形式，如书面形式、口头形式或其他形式。对于重要的协议，建议采用书面形式，以便在发生纠纷时提供有力的证据。
- 寻求专业法律意见：在签订协议前，双方可以寻求专业法律意见，以确保协议的合法性和有效性。
举例说明：假设一家公司与一名个人签订了一份产品买卖合同，公司具有合法的经营资质，个人是具有完全民事行为能力的成年人。双方在平等、自愿的基础上就产品的规格、数量、价格、交货时间等条款进行了协商，并签订了书面合同。该合同的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗。因此，该合同是合法有效的。如果一方违反合同约定，另一方可以依据合同和相关法律规定追究其违约责任。
综上所述，公司与个人签订协议在符合相关法律法规和双方真实意愿的前提下是合法的。为确保协议的合法性和有效性，双方应充分了解法律法规的要求、明确协议内容、选择合适的协议形式，并在必要时寻求专业法律意见。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。