关于专业分包是否必须由总包代发农民工资的问题，这是一个涉及法律法规、合同约定及实际操作层面的综合考量。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律法规层面
政策倡导：
- 根据《保障农民工工资支付条例》等相关法规，政策层面鼓励在工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。这一制度设计旨在确保农民工工资能够及时、足额发放，减少工资拖欠风险。
非强制要求：
- 尽管政策倡导代发工资，但法律并未绝对禁止专业分包单位自行发放工资。只要分包单位能够建立完善的工资支付管理体系，保证按时、足额支付工资，并满足相关监管要求，即可自行发放。
二、合同约定层面
- 如果建设工程相关合同（如总承包合同、专业分包合同）中明确约定了由总承包单位代发专业分包工资，那么该约定具有法律约束力，分包单位需按照合同约定执行。这种约定通常基于资金管理、风险防控等多方面的考虑。
三、实际操作与建议
代发工资流程：
- 若选择代发工资，分包单位需先与总包单位进行工程进度款的结算。
- 总包单位根据分包单位提供的工资表，将工资款项拨付至银行专用账户。
- 银行根据工资表直接将工资发放给农民工个人银行账户。
代发工资的优势：
- 代发工资可以减少中间环节，降低工资被挪用的风险。
- 它有助于保障农民工的合法权益，增强其对工程项目的信任度。
不采用代发的责任：
- 如果分包单位选择不采用代发方式，那么它需确保按时足额支付农民工工资，并承担相应法律责任。
- 同时，总包单位应对分包单位的用工和工资支付情况进行监督和管理，以确保项目顺利进行。
综合建议：
- 鉴于代发工资制度在保障农民工权益和减少纠纷方面的优势，以及政策层面的倡导，建议各方主体在实际操作中积极考虑并采取这一制度。
- 如果合同中有明确约定，则应严格按照合同约定执行。
综上所述，专业分包工资并非必须由总包代发，但代发工资制度在当前建筑行业中具有重要的现实意义和积极作用。它不仅能够更好地保障农民工的合法权益，还能减少工资拖欠风险，促进工程项目的顺利进行。因此，在符合法律法规的前提下，建议各方主体优先考虑并采用代发工资的制度安排。