针对您提出的“事业单位人员违规加班怎么处理”这一问题，虽然直接参考信息是关于“事业单位人员违规取酬”的处理方式，但我们可以从中借鉴处理违规行为的一般框架和原则，并结合加班这一特定情境来给出解答。

一、调查核实与认定违规性质

1. 启动调查：当发现事业单位人员存在违规加班行为时，应由其所在单位、上级主管部门或纪检监察机关及时启动调查程序。调查应全面、公正，确保事实清晰，包括加班的具体时间、原因、是否经过审批等。

2. 收集证据：通过查阅考勤记录、加班申请单、工作日志、监控录像等方式，全面收集证明违规加班行为的证据。同时，也要了解加班是否得到了合理的补偿或调休。

3. 依据法规政策判断：根据《劳动法》、《事业单位人事管理条例》以及本单位内部的加班管理制度，判断该加班行为是否违规。例如，是否超出了法定的加班时间限制，是否未经审批擅自加班等。

4. 确定责任程度：结合调查结果，明确涉事人员在违规加班行为中的责任大小，区分主要责任、次要责任。如果是集体违规加班，还需确定各成员的具体责任。

二、处理措施

1. 纪律处分：

   • 根据违规情节轻重，给予警告、记过等纪律处分。对于严重违规加班，如长期超时加班且未得到合理补偿，甚至可能涉及降低岗位等级或撤职等更严厉的处分。
   • 纪律处分的影响期应明确，并在影响期内对受处分人员的岗位晋升、职称评定等予以限制。

2. 经济处理：

   • 如果违规加班未得到合理补偿，应责令单位按照法律规定支付加班费或安排调休。
   • 对于因违规加班给单位造成损失的，可视情况要求涉事人员承担一定的经济赔偿责任。

3. 法律制裁（如适用）：

   • 如果违规加班行为严重违反了《劳动法》等相关法律法规，且情节严重，可能构成违法行为，将依法受到相关行政部门的处罚。
   • 在极少数情况下，如果违规加班行为涉及更严重的违法犯罪行为（如强迫劳动等），将依法追究刑事责任。

4. 其他处理：

   • 对情节较轻的违规加班行为，可进行诫勉谈话，批评教育并要求书面检讨。
   • 在一定范围内通报批评违规加班行为，以警示其他人员，增强大家的法律意识和纪律观念。

三、后续监督与整改

1. 跟踪监督：确保处理决定得到切实执行，包括支付加班费、接受纪律处分等。同时，要监督单位是否对违规加班行为进行了有效的整改。

2. 制度完善：针对违规加班事件暴露的制度漏洞和管理问题，完善加班管理制度、考勤制度等，明确加班的审批流程、补偿标准等，从源头上防止类似问题再次发生。

3. 加强预防与监管：

   • 建立健全加班管理的监督和审计机制，加强对事业单位人员加班情况的监管。
   • 加强宣传教育，提高事业单位人员的法律意识和职业道德水平，增强自律意识，自觉遵守加班管理规定。

综上所述，对于事业单位人员违规加班的问题，必须采取严肃认真的态度进行处理。既要确保员工的合法权益得到保障，又要维护事业单位的纪律和秩序。同时，通过加强预防和监管工作，从根本上避免类似问题的发生，保障事业单位的健康发展。