通过法院签的买卖自建房协议，在符合法定条件时是有效的。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合同主体适格：

   • 买卖双方必须具有相应的民事行为能力。如果双方都是完全民事行为能力人，那么他们签订的协议在主体上是适格的。如果一方或双方是限制民事行为能力人或无民事行为能力人，那么协议的效力可能会受到影响，需要法定代理人的追认或协议本身可能无效。

2. 意思表示真实：

   • 双方在签订协议时，必须自愿且真实地表达买卖房屋的意愿。如果存在欺诈、胁迫、重大误解等情形，那么协议可能会被撤销或认定为无效。例如，如果卖方隐瞒了房屋存在重大质量问题的事实，买方在发现后有权请求撤销协议。

3. 内容合法且不违反公序良俗：

   • 协议内容必须符合法律、行政法规的强制性规定，不得买卖违章建筑或进行其他违法交易。同时，协议内容也不能违背社会公共秩序和善良风俗。对于自建房而言，需要确保房屋的建设符合当地的规划、建设等法律法规要求。

4. 形式符合要求：

   • 虽然房屋买卖合同可以采用书面或口头形式，但考虑到房屋买卖涉及大额财产和复杂的权益关系，建议采用书面形式，并最好进行公证或见证，以增强其法律效力。如果通过法院签订协议，通常意味着协议已经经过了法院的审查或确认，这在一定程度上增加了协议的法律效力。

5. 不存在恶意串通：

   • 双方在签订协议时，不得存在恶意串通损害第三方（如房屋共有人、承租人）合法权益的情况。否则，该协议将被认定为无效。

6. 特殊规定注意：

   • 房屋买卖涉及不动产交易，还需关注当地是否有特殊的政策规定，如限购政策、自建房交易限制等。违反这些政策可能会影响合同的履行，但不一定导致合同无效。不过，如果自建房本身存在违法建设等问题，那么协议可能会因房屋本身的违法性而受到影响。

法律建议：

• 在签订买卖自建房协议前，务必确认房屋的建设是否合法，是否取得了相关的建设许可和产权证书。
• 确保协议内容真实、合法、详细，并明确约定关键条款，如房屋价格、付款方式、交付时间、违约责任等。
• 如果可能的话，建议对协议进行公证或见证，以增强其法律效力。
• 在交易过程中，留意并遵守当地相关的政策规定，避免因违反政策而导致合同无法履行或产生其他法律风险。

可能的法律后果：

• 如果协议符合上述法定条件，那么它将是有效的，对双方具有法律约束力。
• 如果协议存在无效或可撤销的情形，那么一方或双方有权请求法院或仲裁机构确认协议无效或撤销协议，并可能因此承担相应的法律责任。

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