结论：对方协商不追究的情况下，检察院是否审核取决于具体案件的性质、所处的诉讼阶段以及相关法律规定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
案件性质与检察院的审查职责
- 刑事案件：在刑事案件中，检察院作为公诉机关，承担着审查起诉的职责。即使对方（通常指被害人或其家属）表示不追究，检察院仍需根据案件事实、证据以及法律规定，独立判断是否构成犯罪、是否需要提起公诉。例如，在故意伤害案件中，即使被害人表示谅解并放弃追究，但如果伤害行为构成犯罪，检察院仍可能依法提起公诉。
- 民事案件或行政案件：在民事或行政案件中，检察院的审查职责相对有限。这些案件主要涉及当事人之间的权益纠纷，检察院通常不会主动介入审查，除非涉及国家利益、社会公共利益或特定类型的案件（如民事公益诉讼）。因此，在这些案件中，对方协商不追究通常不会直接引发检察院的审查。
诉讼阶段与检察院的审查
- 侦查阶段：在侦查阶段，如果对方表示不追究，且案件性质允许（如轻微刑事案件），公安机关可能根据具体情况决定是否撤销案件。但这一决定仍需经过检察院的审查批准（在特定情况下，如公安机关直接撤销案件可能需报检察院备案或同意）。不过，实践中，对于轻微刑事案件，如果双方达成和解且被害人表示谅解，公安机关可能会倾向于撤销案件或转为取保候审等非羁押措施。
- 审查起诉阶段：在审查起诉阶段，如果对方表示不追究，检察院会综合考虑案件事实、证据、犯罪情节以及被害人的态度等因素，决定是否提起公诉。即使被害人表示不追究，如果检察院认为犯罪行为严重、社会危害性大，仍可能依法提起公诉。
- 审判阶段：在审判阶段，对方的态度（如不追究）通常不会直接影响检察院的审查，因为案件已经进入法院审理程序。但被害人的谅解可能作为量刑情节被法院考虑，影响被告人的刑罚轻重。
特殊情况下的检察院审查
- 涉及国家利益或社会公共利益的案件：即使对方表示不追究，如果案件涉及国家利益或社会公共利益，检察院仍可能依法履行审查职责，确保案件得到公正处理。
- 特定类型的案件：如未成年人犯罪案件、老年人犯罪案件等，检察院在审查时可能更加注重社会效果和人文关怀，但对方的态度仍不是决定性因素。
建议：
- 如果您面临对方协商不追究但担心检察院审查的情况，建议首先了解案件的性质和所处的诉讼阶段。
- 咨询专业律师，以便更准确地评估案件风险和可能的结果。律师可以根据您的具体情况，提供针对性的法律建议和策略。
- 积极配合司法机关的工作，如实陈述事实、提供证据，以便司法机关能够全面、客观地了解案件情况，作出公正的裁决。
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