针对“非法改装电动车修理店如何处罚”的问题，这确实是一个涉及道路交通安全和法律法规的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、处罚依据与原则
首先，我们需要明确的是，非法改装电动车是违反《中华人民共和国道路交通安全法》及相关地方性法规的行为。这些法规明确禁止拼装机动车或擅自改变机动车（包括电动车，在非法改装管理上多参照机动车原则）已登记的结构、构造或特征。因此，对于非法改装电动车的修理店，交通管理部门将依法进行处罚。
二、具体处罚措施
罚款：
- 修理店若被发现非法改装电动车，将面临警告或一定金额的罚款。罚款的具体金额会根据地方交通管理部门的规定以及改装行为的严重程度来确定，可能从几百元到数千元不等。
责令整改：
- 除了罚款外，交通管理部门还会责令修理店立即停止非法改装行为，并将已改装的车辆恢复至原始状态。这包括拆除加装的车棚、车厢、座位等装置，以及恢复限速装置、脚踏骑行功能等。
扣留车辆与工具：
- 对于存在严重安全隐患或多次违法的修理店，交通管理部门有权依法扣留其用于非法改装的车辆和工具，直至其接受处理并消除违法状态。
吊销营业执照或相关资质：
- 在情节严重的情况下，如修理店多次违法且拒不改正，交通管理部门可能会联合相关部门吊销其营业执照或相关维修资质，以彻底杜绝其非法改装行为。
刑事责任追究：
- 如果非法改装行为导致交通事故或其他严重后果，修理店的相关责任人还可能面临刑事责任的追究，如因过失致人重伤或死亡等罪名被起诉。
三、处罚流程
发现与调查：
- 交通管理部门在日常巡查或接到举报后，会对涉嫌非法改装的修理店进行调查。这包括检查修理店的维修记录、现场查看改装车辆等。
技术鉴定：
- 对扣留的车辆进行详细技术鉴定，确认改装是否违法及是否影响安全性能。这一步骤通常由专业的技术鉴定机构或交通管理部门的内部技术部门完成。
依法处罚：
- 根据调查结果和技术鉴定意见，交通管理部门将依法对修理店进行处罚。处罚决定会以书面形式通知修理店，并告知其享有复议和诉讼的权利。
四、建议与提醒
- 遵守法律法规：修理店应严格遵守《中华人民共和国道路交通安全法》及相关地方性法规，不进行任何非法改装行为。
- 增强安全意识：修理店应认识到非法改装电动车的严重危害性，不仅可能面临法律处罚，还可能对消费者的生命安全造成威胁。
- 定期自查自纠：修理店应定期对自身的维修行为进行自查自纠，确保所有维修活动都符合法律法规和行业标准。
综上所述，非法改装电动车修理店将面临严厉的处罚措施，包括罚款、责令整改、扣留车辆与工具、吊销营业执照或相关资质以及刑事责任追究等。因此，修理店应严格遵守相关法律法规，共同维护良好的交通秩序和安全环境。