针对您提出的“工程没有验收但是已经投入使用保修期应如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、法律后果与原则认定
首先，需要明确的是，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，将产生一系列法律后果。其中，最为关键的是，发包人一旦擅自使用工程，即视为认可工程质量合格，或同意自行承担质量问题责任。但这一认定并不免除承包人对地基基础工程和主体结构在合理使用寿命内的保修责任。
二、保修期的处理原则
地基基础与主体结构保修：
- 尽管工程未经验收就投入使用，但承包人仍需对地基基础工程和主体结构的质量负责。在保修期内，如果这些部分出现质量问题，承包人应承担相应的维修责任。
其他部分的质量异议：
- 对于工程的其他部分，如装修、设备安装等，发包人擅自使用后，原则上将丧失对这部分工程质量提出异议的权利。这是因为发包人的使用行为被视为对这部分工程质量的认可。
保修期的起算：
- 保修期的起算时间通常与工程的竣工日期相关联。然而，在工程未经验收就投入使用的情况下，根据司法解释，以转移占有建设工程之日为竣工日期。因此，保修期也应从这一日期开始计算。
三、工程价款与支付
- 即使工程未经验收就投入使用，承包人仍有权要求发包人按照合同约定支付工程价款。发包人不能以工程未验收为由拒绝支付。如果双方因此产生争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
四、行政处罚与合规建议
- 对于建设单位未组织竣工验收就擅自交付使用的行为，相关行政部门有权依据《建设工程质量管理条例》等法律法规进行处罚，包括责令改正、处以罚款等。因此，建议建设单位在工程竣工后，务必组织验收并确保验收合格后再投入使用，以避免不必要的法律风险和经济损失。
五、实际操作建议
对于发包人：
- 在工程投入使用前，务必确保工程已经通过竣工验收，并保留好相关验收文件。
- 如果因特殊原因需要提前使用工程，应与承包人明确约定保修责任、质量异议处理等事项，并签订书面协议。
对于承包人：
- 在工程竣工后，应及时向发包人提交验收申请，并配合发包人进行验收工作。
- 如果发包人擅自使用工程，承包人应保留好相关证据，以备在保修期内出现质量问题时维护自身权益。
综上所述，工程没有验收但是已经投入使用时，保修期的处理应遵循相关法律法规和合同约定，确保双方的权益得到保障。同时，建议双方在工程投入使用前务必进行竣工验收，以避免不必要的法律纠纷和经济损失。