联合体投标中标后，合同开工文件确实需要双方签名，但这里的“双方”应理解为联合体各方共同作为一方与招标人进行签署，而非联合体内部成员之间两两签署。以下是详细解释：
一、联合体投标的法律基础
根据《中华人民共和国招标投标法》第三十一条的规定，两个或两个以上的法人或其他组织可以组成一个联合体，以一个投标人的身份共同参与投标活动。联合体各方在投标前需签订共同投标协议，明确约定各方在项目中拟承担的具体工作和责任，并将该协议连同投标文件一并提交给招标人。若联合体中标，联合体各方应当共同与招标人签订合同，就中标项目向招标人承担连带责任。
二、合同开工文件的签署要求
签约主体：在联合体中标后，合同开工文件的签署主体应为联合体各方共同作为乙方，以联合体的名义与招标人签订。这意味着，不是联合体中的某一方单独与招标人签约，而是联合体作为一个整体与招标人进行签署。
签字盖章：合同开工文件签署时，联合体各方的法定代表人或其授权代表应共同在文件上签字并加盖各自单位的公章。这是确保签字盖章手续完备且符合法律规定和招标文件要求的重要步骤。
内部授权：如果联合体协议中指定了牵头方代表联合体与招标人签订合同开工文件，或联合体成员单位明确授权牵头方进行签署，则牵头方的签署行为视为代表联合体全体的行为。但在此情况下，必须向招标人提供由所有联合体成员法定代表人签署的正式授权委托书，以证明牵头方的签署权限。
三、实际操作中的注意事项
共同投标协议的重要性：共同投标协议是解决联合体内部纠纷的重要依据，也是招标人了解联合体内部结构和责任分配的关键文件。因此，在签署合同开工文件前，务必确保共同投标协议已经签订并明确各方责任。
合同条款的细致协商：联合体各方与招标人应就合同开工文件的各项条款进行细致协商，包括但不限于项目的范围、质量标准、工期要求、价款支付方式等核心内容。这有助于确保各方对合同的理解一致，减少后续履行过程中的纠纷。
合规性检查：在签署合同开工文件前，联合体各方应确保文件条款符合相关法律法规及招投标文件的规定。这包括合同的形式、内容、履行期限等方面，以确保合同的合法性和有效性。
总结来说，联合体投标中标后，合同开工文件需要联合体各方共同作为一方与招标人进行签署，并确保签字盖章手续完备且符合法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。