若退耕还林地被划入自然保护区，其管理、权益及补偿等问题需依据具体法律法规及政策处理，核心结论及处理方式如下：

1. 土地权属与用途变更的合法性
   根据《自然保护区条例》及《退耕还林条例》，自然保护区划定需经法定程序，且不得擅自改变退耕还林地的用途。若退耕还林地被划入自然保护区，需确认划定程序是否合法（如是否经省级以上政府批准、是否进行生态影响评估等）。若程序合法，土地用途依法变更为生态保护用地，但原土地承包经营权人的合法权益仍受保护。

2. 权益保障与补偿机制

   • 生态补偿：依据《退耕还林条例》第三十六条，退耕还林者享有政策性补助（如粮食补助、现金补助），若因划入自然保护区导致补助终止或减少，可依据《自然保护区条例》第二十三条要求政府提供生态补偿，补偿标准需参照当地政策或协商确定。
     
   • 经营权限制：若原承包经营权人需限制或停止林下经济活动（如种植、养殖），可主张因权益受限产生的损失补偿，包括直接损失（如预期收益）和间接损失（如改良土地投入）。
     
   • 替代生计支持：部分地区会通过生态管护岗位、技能培训等方式保障原居民生计，可主动申请参与。

3. 争议解决途径

   • 协商调解：优先与当地林业主管部门、自然保护区管理机构协商，明确补偿方案及后续管理规则。
     
   • 行政复议或诉讼：若对划定程序、补偿标准有异议，可依法申请行政复议（向上一级政府或主管部门）或提起行政诉讼（以划定机关为被告），主张权益。
     
   • 政策申诉：通过信访渠道向地方政府或林业部门反映诉求，推动政策优化。

4. 特殊情形处理

   • 历史遗留问题：若退耕还林前土地存在权属争议，需先依据《土地管理法》解决权属纠纷，再主张补偿。
     
   • 合同约定优先：若退耕还林合同中已约定“因政策调整导致权益变化的处理方式”，按合同执行；无约定时，依法主张法定权益。

建议行动步骤：

1. 收集退耕还林合同、林权证、补助发放记录等证据；
   
2. 向当地林业部门或自然保护区管理机构申请信息公开，了解划定依据及补偿政策；
   
3. 联合其他权益受损方共同协商或委托专业机构评估损失；
   
4. 必要时咨询律师，制定法律策略。
   

如有具体案件细节或地区政策差异，可进一步向我咨询，我将结合实际情况提供针对性建议。