结论：纪委要求公司提供项目相关材料或配合调查时，公司一般不能拒绝，但需根据具体情况判断是否涉及合法合规要求及公司权益保护。以下从不同角度详细分析：
一、纪委调查的法律依据与性质
纪委（纪检监察机关）的调查权来源于《中国共产党纪律检查机关监督执纪工作规则》《中华人民共和国监察法》等党内法规和国家法律。其调查范围通常包括：
- 党员或公职人员的违纪违法行为：若项目涉及党员或公职人员违规操作（如贪污、受贿、滥用职权等），纪委有权依法调查。
- 职务违法犯罪线索：根据《监察法》，监察机关可对涉嫌贪污贿赂、滥用职权等职务违法犯罪行为进行调查。
公司义务：若纪委调查事项与公司项目直接相关（如项目负责人涉嫌违纪），公司需配合提供材料、协助调查，否则可能构成妨碍公务或拒不执行调查命令，面临行政处罚或法律责任。
二、公司拒绝配合的可能情形与风险
1. 纪委要求超出法定权限
若纪委要求公司提供与调查无关的项目资料（如商业秘密、客户隐私等），或要求公司停止正常经营活动，公司可依法提出异议。例如：
- 法律依据：《监察法》第18条规定，监察机关行使职权时，应严格依法，不得侵犯公民、法人和其他组织的合法权益。
- 风险：若公司无合理理由拒绝合法调查，可能被认定为“不配合调查”，面临警告、罚款等处罚；若纪委要求违法，公司拒绝属合法自保。
2. 项目涉及商业秘密或国家秘密
若项目资料属于商业秘密或国家秘密，公司可要求纪委通过合法程序（如出具书面调取证据通知书、保密协议等）获取。例如：
- 法律依据：《反不正当竞争法》第9条定义商业秘密，第32条规定权利人可拒绝非法获取；《保守国家秘密法》对国家秘密的保护亦有明确规定。
- 风险：若公司未依法保护秘密而随意提供，可能承担泄露责任；若纪委未履行合法程序，公司有权拒绝。
三、公司应对建议
核实纪委调查权限与程序
- 要求纪委出具书面调查通知，明确调查事项、范围及法律依据。
- 若涉及商业秘密或国家秘密，可要求签订保密协议或通过法定程序调取。
区分合法与非法要求
- 对合法调查（如项目负责人违纪线索），应积极配合，提供必要材料。
- 对非法要求（如无关资料、停止经营），可书面说明理由并拒绝，同时向上级纪委或法律部门申诉。
咨询专业律师
- 若对纪委要求存疑，或涉及复杂法律问题（如秘密保护、权益冲突），建议及时联系律师介入，避免法律风险。
四、典型案例参考
- 案例1：某公司因拒绝提供员工贪污证据，被纪委以“妨碍调查”处罚，后经复议撤销处罚（因纪委未出具书面通知）。
- 案例2：某企业以“商业秘密”为由拒绝提供项目合同，法院判决其需配合调查（因合同内容与违纪行为直接相关）。
总结：纪委调查时，公司需平衡配合义务与权益保护。对合法要求应积极配合，对非法要求可依法拒绝。如有疑问，可直接向我咨询具体应对方案。