工程审计进行三次本身并不违法，但具体是否合法需结合审计的发起主体、审计目的、审计程序以及合同约定等因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、审计发起主体与目的
建设单位自行审计：
- 建设单位作为工程项目的业主，有权对工程进行审计，以核实工程成本、质量等是否符合合同约定。
- 若建设单位基于合理的管理需求，对同一工程进行多次审计，且审计程序合法、审计内容不重复，通常不构成违法。
政府审计或第三方审计机构审计：
- 政府审计机关或第三方审计机构受建设单位委托或根据法律法规要求，对工程进行审计。
- 若因审计过程中发现重大问题、需要进一步核实或审计范围扩大等原因，进行多次审计，且审计程序合法，也是合法的。
二、审计程序与合同约定
审计程序合法性：
- 审计应遵循相关法律法规和审计准则，确保审计程序的合法性和公正性。
- 若审计过程中存在程序违法、滥用职权或徇私舞弊等行为，则无论审计次数多少，均可能构成违法。
合同约定：
- 建设工程合同中可能对审计次数、审计方式等作出约定。
- 若合同明确约定了审计次数或审计方式，且双方均按照合同约定执行，则进行三次审计是合法的。
- 若合同未明确约定审计次数，但双方协商一致进行多次审计，且审计程序合法，也是合法的。
三、可能存在的法律风险与后果
审计成本增加：
- 多次审计可能导致审计成本增加，包括审计费用、时间成本等。
- 若审计成本过高，可能影响工程项目的经济效益。
审计结果冲突：
- 不同审计机构或不同时间点的审计结果可能存在差异。
- 若审计结果冲突且无法协调一致，可能引发纠纷或诉讼。
法律责任：
- 若审计过程中存在违法行为，如伪造审计报告、泄露商业秘密等，相关责任人可能承担法律责任。
四、建议与措施
明确合同约定：
- 在建设工程合同中明确约定审计次数、审计方式、审计费用等条款，以减少后续纠纷。
加强沟通协调：
- 在审计过程中，建设单位、施工单位和审计机构应加强沟通协调，确保审计工作的顺利进行。
遵守法律法规：
- 审计机构应严格遵守相关法律法规和审计准则，确保审计程序的合法性和公正性。
寻求专业法律意见：
- 若对审计次数、审计结果等存在争议，建议及时寻求专业法律意见，以维护自身合法权益。
若您在工程审计过程中遇到任何法律问题或困惑，欢迎直接向我咨询。作为专注于建设工程领域的律师，我将为您提供专业、全面的法律服务。