个别股东阻止公司单位施工的行为是否违法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、股东权利与义务的角度
股东作为公司的出资人，享有相应的权利，如资产收益权、参与重大决策权等。但同时，股东也负有遵守公司章程、不损害公司利益等义务。如果个别股东阻止施工的行为是基于对公司决策的合理质疑，并通过合法途径（如提议召开股东会、提出异议等）来表达，且未造成公司实际损失，那么这种行为可能不构成违法。然而，如果股东无正当理由，擅自采取阻止施工等过激行为，干扰公司正常经营秩序，就可能违反了股东义务，甚至可能构成对公司权益的侵害。
二、公司治理与决策的角度
公司施工项目通常属于公司的重大决策范畴，需要经过公司内部决策程序（如董事会决议、股东会决议等）的批准。如果施工项目已经按照公司章程和法律法规的规定，经过了合法的决策程序，并获得了相应的批准，那么个别股东无权擅自阻止施工。此时，股东的行为可能构成对公司决策的违反，公司有权采取措施维护自身权益，包括但不限于要求股东停止侵害、赔偿损失等。
三、法律责任的角度
民事责任：如果个别股东阻止施工的行为给公司造成了经济损失，公司有权要求该股东承担赔偿责任。赔偿范围通常包括直接经济损失（如施工延误导致的额外费用、合同违约赔偿等）和间接经济损失（如公司声誉受损导致的业务减少等）。
行政责任：如果股东的行为违反了相关行政法规（如扰乱公共秩序、妨碍公务等），可能面临行政处罚，如罚款、拘留等。
刑事责任：在极端情况下，如果股东的行为构成犯罪（如破坏生产经营罪、寻衅滋事罪等），将依法追究刑事责任。
四、建议与措施
沟通协商：公司应首先尝试与个别股东进行沟通协商，了解其阻止施工的具体原因和诉求，寻求妥善解决方案。
法律途径：如果沟通协商无果，公司可以依法向法院提起诉讼，要求股东停止侵害、赔偿损失等。同时，公司也可以考虑向公安机关报案，追究股东的行政责任或刑事责任。
完善公司治理：公司应进一步完善内部治理结构，明确股东权利与义务、决策程序等事项，避免类似纠纷的再次发生。
如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供有针对性的法律建议和解决方案。