若非法渔获物已经被食用，处理方式需根据具体情况分情况讨论，核心结论如下：

1. 针对非法捕捞行为本身的法律责任
   食用行为本身不改变非法捕捞行为的违法性。根据《中华人民共和国渔业法》第三十八条，非法捕捞水产品的，需承担行政处罚责任，包括但不限于：

   • 没收渔获物和违法所得；
     
   • 处五万元以下罚款；
     
   • 情节严重的（如使用禁用工具、禁渔期捕捞等），可能被没收渔具、吊销捕捞许可证，甚至构成犯罪（《刑法》第三百四十条非法捕捞水产品罪）。
     关键点：即使渔获物已被食用，行政机关仍可依据现场证据（如捕捞工具、证人证言、电子数据等）追溯违法行为，并依法处罚。

2. 针对食用者的法律责任

   • 若食用者明知是非法渔获物仍购买或食用：可能违反《野生动物保护法》第三十一条（若涉及保护物种）或《治安管理处罚法》第五十九条（收购赃物类推适用），面临警告、罚款或没收违法所得的处罚。
     
   • 若食用者不知情：一般不承担法律责任，但需配合调查（如提供购买渠道等线索）。
     例外情形：若食用国家重点保护的珍贵、濒危野生动物（如中华鲟、江豚等），无论是否知情，均可能触犯《刑法》第三百四十一条危害珍贵、濒危野生动物罪，需承担刑事责任。

3. 针对渔获物价值的认定与赔偿

   • 若非法捕捞行为造成生态损害（如破坏渔业资源），行政机关可依据《生态环境损害赔偿管理规定》要求责任人承担修复责任或赔偿损失。
     
   • 渔获物价值计算：通常按市场价格或评估价值确定，即使已被食用，仍需以价值为基准计算罚款或赔偿金额。

实务建议：

• 若您或他人涉及非法捕捞行为，即使渔获物已食用，也应主动向渔业主管部门说明情况，争取从轻处理；
  
• 食用者需谨慎核实水产品来源，避免因购买非法渔获物陷入法律风险；
  
• 若涉及刑事犯罪（如捕捞保护物种），建议立即委托律师介入，通过自首、立功等情节争取减轻处罚。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。