结论前置：公司以微信方式发工资，在本质上并不直接构成违法，但存在诸多潜在的法律风险和管理问题，因此建议企业优先采用银行转账等正式渠道发放工资。以下是对这一问题的详细分析：
一、合法性分析
双方协商一致：根据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》，工资应当以货币形式按时足额支付给劳动者。微信支付作为一种电子支付方式，其背后结算的仍然是人民币，因此从支付介质上来说，通过微信发工资并不违反以法定货币支付工资的要求。关键在于，用人单位与劳动者需明确同意通过微信发放工资，并确保支付信息的清晰准确，如金额、时间、领取人等。这种基于双方自愿和协商一致的支付方式，在法律上是被认可的。
符合支付规定：虽然《工资支付暂行规定》并未明确排除微信等电子支付方式，但要求用人单位以货币形式按月支付给劳动者本人，并提供工资清单。只要微信转账满足货币支付的本质要求，且不违反其他相关法律法规，即可视为合法支付方式。
二、潜在法律风险与管理问题
证据效力不足：相较于传统的银行工资流水明细，微信支付记录在证据效力上可能较弱。在复杂的劳动争议中，法院可能要求更详细、准确的支付凭证，而微信记录可能无法满足这一标准。建议用人单位保存完整的微信转账记录，并在转账时明确备注“工资”及对应月份等信息，同时考虑与银行转账记录相结合，以增强证据的法律效力。
税务风险增加：用人单位作为扣缴义务人，需按规定代扣代缴个人所得税。微信发放工资可能导致税收计算不准确或申报遗漏，从而引发税务违规风险，包括补缴税款、罚款等处罚。用人单位应建立完善的税务管理制度，确保所有工资支付都符合税务合规要求。
金融监管违规：频繁且大额的微信工资支付可能引起金融监管部门的关注，违反金融管理规定。企业应通过正规银行结算渠道进行资金往来，以确保资金安全和规范管理。
财务管理混乱：微信转账的随意性和非正式性不利于企业的财务管理和税务申报。企业应建立完善的财务制度，对工资支付进行规范管理和记录。
三、法律建议与最佳实践
优先选择正式渠道：为避免潜在法律风险和管理问题，企业应优先考虑通过银行转账等正式渠道发放工资，并确保相关记录的完整性和准确性。
完善财务管理制度：企业应建立健全的财务制度，对工资支付进行规范化管理，包括明确的支付流程、记录保存和税务申报。
增强法律意识：劳动者也应关注自己的工资支付方式，确保权益得到保障。在签订劳动合同时，应明确工资支付方式及相关条款。
及时咨询与合规审查：在采用任何非传统工资支付方式前，建议企业向我咨询，进行合规性审查，以防范潜在的法律风险。
综上所述，虽然公司以微信方式发工资在本质上不直接构成违法，但考虑到潜在的法律风险和管理问题，建议企业优先采用银行转账等正式渠道发放工资。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。