信用卡逾期已经协商还款后，工资卡是否还会被扣钱，这主要取决于协商的具体内容以及是否涉及特殊情况，一般情况下，若协商成功且未签署自动还款协议或未经司法程序，工资卡不会被扣钱。以下是对此问题的详细分析：
一般情况
信用卡和工资卡作为两个独立的银行账户，它们之间遵循严格的资金管理规定和安全原则。在您已经与浦发银行就信用卡逾期问题协商还款，并且协商成功的情况下，如果没有签署自动还款协议，且未经司法程序，银行是无权直接从您的工资卡中扣除资金来偿还信用卡的逾期欠款的。这一原则保障了客户资金的自主性和安全性，确保资金不会被随意挪用。
特殊情况
签署自动还款协议：
- 如果在办理信用卡时，您与银行签订了自动还款协议，并且指定了工资卡作为还款账户，那么在信用卡逾期且到了约定的还款时间时，银行会根据协议自动从工资卡中扣除相应款项用于偿还信用卡欠款。但您已经提到已经协商还款，若协商内容中未包含此项自动还款安排，则此情况不适用。
司法划扣：
- 当信用卡逾期情况严重，且银行通过法律途径追讨欠款时，如果银行起诉您并胜诉，而您仍然拒不还款，银行可以向法院申请强制执行。法院在受理强制执行申请后，有权采取一系列强制措施，包括查询、冻结、划扣您名下包括工资卡在内的银行账户资金，以及查封、处理其他财产等，以偿还信用卡欠款。但这一过程需要经过法律程序，且您已经与银行协商还款，若协商成功并履行，则通常不会走到这一步。
建议与警示
- 确保协商还款的履行：既然您已经与浦发银行就信用卡逾期问题协商还款，那么请务必按照协商的内容按时履行还款义务，以避免不必要的法律纠纷和财务损失。
- 了解协议内容：在签订任何与信用卡相关的协议时，特别是涉及自动还款的条款，请务必仔细阅读并了解协议内容，确保自己的权益不受损害。
- 积极沟通：如确实无法按时还款，应积极与银行沟通协商，寻求延期还款或分期还款等解决方案，以避免逾期产生的不良后果。
综上所述，信用卡逾期已经协商还款后，工资卡是否会被扣钱取决于协商的具体内容以及是否涉及特殊情况。在一般情况下，若协商成功且未签署自动还款协议或未经司法程序，工资卡不会被扣钱。但为了确保自己的权益不受损害，建议您务必按照协商的内容按时履行还款义务，并了解相关协议内容。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。