逾期银行卡发工资一般不会被直接扣除。工资卡是用于发放工资等收入款项的账户，银行通常会尊重工资卡账户的基本功能及资金性质。对于银行卡的逾期情况，银行一般不会直接从该工资卡中进行扣款，因为这可能影响银行自身的业务合规性及声誉，贸然扣划工资卡款项易引发客户不满和纠纷。
然而，也需要注意一些特殊情况：
法律规定的特殊情形：比如法院依法作出扣划裁定等，银行会按照法律程序执行扣划操作。在债务纠纷等案件中，经债权人申请，法院下达协助执行通知书，要求银行从工资卡中扣划相应款项用于偿债，此时银行会依规办理。
信用卡或网贷的自动还款设置：如果之前设置了工资卡自动还款信用卡或网贷，那么当工资到账时，可能会自动扣除相应的还款金额。但这并不属于银行因逾期而直接扣划工资卡款项的情况，而是根据之前的自动还款设置进行的操作。
综上所述，逾期银行卡发工资一般不会被直接扣除，但也需要留意是否存在特殊的法律扣划裁定或自动还款设置。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。