开发票应当以实际交易金额为准。在合同金额与付款金额不一致的情况下，发票的开具需遵循以下原则和步骤：

1. 核实实际交易金额：

   • 首先，需要仔细核对合同条款、付款记录以及双方确认的交易细节，以确定实际发生的交易金额。这是开具准确发票的基础。

2. 遵循税法规定：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，发票的开具必须与实际经营业务情况相符。这意味着，发票上的金额应当反映真实的交易金额，而不是合同上的金额（如果两者不一致）。
   • 如果合同金额与实际付款金额存在差异，且这种差异是由于诸如折扣、退货、调整价格等合理原因造成的，那么在开具发票时，应当以实际付款金额为准。

3. 处理合同与发票金额不一致的情况：

   • 如果合同金额大于实际付款金额，且差额部分双方已明确不再交易或作为折扣处理，那么在开具发票时，只需按照实际付款金额开具即可。同时，建议在合同或补充协议中明确记录这一差异及其处理方式，以避免未来可能出现的纠纷。
   • 如果合同金额小于实际付款金额，这通常意味着双方在执行合同过程中对交易内容进行了调整或增加了额外的交易项目。在这种情况下，除了按照实际付款金额开具发票外，还需要确保这些调整或增加的项目有明确的合同依据或双方确认的书面记录。

4. 与税务机关沟通：

   • 如果对如何开具发票存在疑问或不确定，建议及时与当地税务机关进行沟通。税务机关可以根据具体情况提供指导，确保发票的开具符合税法规定。

5. 保留相关证据：

   • 在处理合同与付款金额不符的情况时，务必保留好所有相关的证据和文件，如合同、付款记录、补充协议、双方确认的书面记录等。这些证据和文件在未来可能出现的纠纷中将成为重要的法律依据。