合同只有盖章的扫描件，在特定条件下可以具有法律效力，但并非在所有情况下都能被视为与原件具有同等效力。以下是对此问题的详细分析：
一、法律层面的有效性分析
《中华人民共和国民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》第四百六十九条，书面形式包括合同书、信件等有形表现所载内容的形式，以及电子数据交换、电子邮件等数据电文形式。因此，合同盖章的扫描件，作为电子数据形式的合同副本，在内容上能够表现合同原貌，具备一定的证据效力。
- 同时，《民法典》第五百零二条及第一百四十三条强调了合同生效的基本条件，包括行为人具有民事行为能力、意思表示真实、不违反法律法规强制性规定且不违背公序良俗。这些条件同样适用于扫描件合同，只要其内容符合这些要求，即可生效。
《中华人民共和国电子签名法》的相关规定：
- 根据《电子签名法》第二条与第十四条，电子签名与数据电文具有特定法律效力，可靠的电子签名与手写签名或盖章具有同等法律效力。若扫描件中的盖章满足可靠电子签名的条件，则具有与原件盖章同等的法律效力。
二、实际操作中的有效性考量
有其他证据佐证：
- 如果合同双方通过邮件、聊天记录等方式沟通并达成了合意，且已经按照合同约定部分或全部履行了义务（如交付货物、支付款项等），那么即使只有盖了章的合同扫描件，也有可能被法院认定合同有效。这种情况下，扫描件结合其他事实证据，能够形成充分的证明力。
双方认可扫描件效力：
- 如果合同双方在交易过程中明确约定了合同扫描件具有与原件同等的法律效力，或者在后续的履行过程中以实际行动认可了扫描件的效力，那么该扫描件对双方具有法律约束力。这种认可可以通过书面协议、电子邮件或其他形式的沟通记录来证明。
仅为扫描件且无其他佐证：
- 如果仅有盖了章的合同扫描件，没有其他任何证据予以佐证，也没有双方关于扫描件效力的约定，那么一旦一方当事人对扫描件的真实性提出异议，由于扫描件容易被篡改的特性，其很难单独作为认定合同有效的依据。在这种情况下，法院可能会要求提供原件或其他官方认证文件来验证合同的真实性和有效性。
三、法律建议与风险提示
尽量使用合同原件：
- 为了避免潜在的法律风险，确保合同的顺利履行和自身合法权益，建议在签订重要合同时，尽量采用当面签订纸质合同并留存原件的方式。原件在证明力上通常优于复制件，能够更好地维护当事人的合法权益。
妥善保管扫描件及相关证据：
- 如果因特殊情况只能先以扫描件形式签订合同，后续也应当及时补签纸质合同，并确保双方对扫描件的内容无异议。同时，应妥善保管好扫描件及相关证据材料，以便在需要时提供佐证。
咨询专业律师意见：
- 在处理合同事务时，如果遇到关于合同扫描件有效性的疑问或不确定的地方，建议直接向我咨询。我可以根据具体情况提供准确的法律指导和帮助，确保你的权益得到充分保障。
综上所述，合同只有盖章的扫描件在特定条件下可以具有法律效力，但考虑到其潜在的证据效力问题，建议在实际操作中谨慎使用，并尽可能采取额外措施确保其真实性和完整性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。