核心结论：合同无效时，基于该合同产生的支付协议原则上亦无效，但存在例外情形，如支付协议具有独立性或符合法律规定的特定条件时，可能被认定为有效。以下从不同角度详细分析：

1. 合同无效的一般规则

根据《中华人民共和国民法典》第一百五十五条：“无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。”若合同因违反法律、行政法规的强制性规定（如恶意串通损害国家利益、以合法形式掩盖非法目的等）被认定无效，则基于该合同产生的所有条款，包括支付协议，原则上均自始无效。此时，双方需恢复原状，已履行的部分可能需返还或折价补偿。

示例：甲与乙签订虚假合同，约定甲向乙支付“咨询费”实为行贿款。合同因违法无效后，支付协议亦无效，乙需返还已收取的款项。

2. 支付协议的独立性例外

若支付协议虽基于原合同，但具有独立性（如结算条款、违约金条款），且符合以下条件，可能被认定为有效：

• 不违反法律强制性规定：支付协议内容合法，如仅约定因一方违约需支付合理违约金；
• 可独立履行：支付义务不依赖原合同其他条款的履行（如单纯约定“甲需向乙支付10万元”）；
• 双方明确约定独立性：合同中明确约定“支付条款不受合同其他条款效力影响”。

法律依据：

• 《民法典》第五百六十七条：“合同的权利义务关系终止，不影响合同中结算和清理条款的效力。”
• 《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十四条：“买卖合同约定逾期付款违约金，但对账单、还款协议等未涉及逾期付款责任，出卖人根据对账单、还款协议等主张欠款时请求买受人依约支付逾期付款违约金的，人民法院应予支持。”

示例：甲与乙签订买卖合同，约定“若甲逾期付款，需按日0.1%支付违约金”。后合同因标的物违法被认定无效，但违约金条款因独立且合法，仍可能被支持。

3. 法律后果与建议

• 若支付协议无效：双方需返还财产或折价补偿，有过错的一方需赔偿对方损失（《民法典》第一百五十七条）。
• 若支付协议有效：守约方可依据协议要求对方履行支付义务，或主张违约金、赔偿损失。

建议：

1. 审查合同效力：签订合同时，确保内容合法，避免因违法导致合同无效；
2. 明确条款独立性：在合同中约定“支付条款不受其他条款效力影响”，增强条款独立性；
3. 保留证据：保存合同文本、支付记录、沟通记录等，以备争议时举证；
4. 及时咨询：若合同效力存疑或已发生纠纷，可直接向我咨询，我会结合具体案情提供专业分析。

总结：合同无效时，支付协议的效力需结合其独立性、合法性及双方约定综合判断。为避免风险，建议在签订合同时明确条款效力，并在纠纷发生时及时寻求法律帮助。