若已经和银行协商了协议但仍然被扣款，首先需要明确的是，这可能涉及协议执行问题或存在误解，需分情况处理：

1. 确认协议内容与扣款是否匹配
   先仔细核对与银行签订的协议条款，尤其是关于还款金额、时间、方式等核心内容。若银行扣款金额、时间与协议完全一致，可能是您对协议理解有偏差（例如未注意到某些附加费用或自动扣款条款）。此时建议立即联系银行客服，要求对方详细解释扣款依据，并留存沟通记录（如录音、聊天记录）。

2. 若扣款与协议不符，可能涉及银行违约或系统错误

   • 银行单方面违约：若协议明确约定了还款计划（如分期金额、期数），但银行未按约定扣款（如多扣、提前扣款），可能构成违约。此时可先通过书面形式（邮件、信函）向银行提出异议，要求其纠正并返还多扣款项；若银行未回应，可向当地银保监会或金融消费权益保护局投诉，同时准备协议、扣款记录等证据，必要时通过诉讼主张权利。
     
   • 系统错误或操作失误：若扣款是因银行系统故障或工作人员操作失误导致（如重复扣款、错误扣款），可要求银行立即退款，并留存错误扣款的证据（如银行流水、错误通知）。若银行拖延处理，可向央行征信中心申请异议核查（若扣款影响征信），或通过法律途径要求银行承担赔偿责任。

3. 检查自身是否未履行协议义务
   若协议中约定了您的某些义务（如提供特定材料、按时配合对账），而您未履行，银行可能依据协议条款采取措施（如暂停分期、加速到期）。此时需先补全义务，再与银行协商恢复原协议；若因您的过错导致银行损失，可能需承担部分责任。

行动建议：

• 立即收集所有相关证据（协议文本、扣款记录、沟通记录）；
  
• 优先通过银行客服或书面方式沟通，明确扣款原因；
  
• 若银行拒绝解决，可向监管部门投诉或委托律师介入谈判；
  
• 若涉及较大金额或长期纠纷，建议同步准备诉讼材料（如起诉状、证据清单）。
  

温馨提示：银行协议通常具有法律约束力，任何一方擅自变更或违反均需承担责任。若对协议条款或扣款有疑问，可直接向我咨询，我会帮您分析具体条款的合法性及维权路径。